在適宜條件下，食用菌的孢子萌發形成管狀絲狀體，每根絲狀體叫菌絲。菌絲以頂端部分進行生長，但菌絲的每一個細胞都潛存有生長能力。菌絲通常無色或有色，在基質中蔓延生長，多次分枝，組成菌絲群，通稱菌絲體。

擔子菌中，由單核擔孢子萌發後產生的單核菌絲，稱初生菌絲，初生菌絲也叫一次菌絲。大多數擔子菌，其單核菌絲體是不產生子實體的。一次菌絲長勢弱，生活期短，可透過雙核化過程（質配），形成異核的雙核菌絲體。這種雙核菌絲，即所謂次級（次生）菌絲，也叫二次菌絲。二次菌絲較一次菌絲粗壯，分枝繁茂，生活期可較短，也可很長。食用菌菌種多是二次菌絲的純培養物。

在擔子菌約半數的種中，二次菌絲常有鎖狀聯合特徵，如木耳、銀耳、香菇、平菇、金針菇、滑菇、蜜環菌等多種食用菌的二次菌絲均有鎖狀聯合。絕大部分食用菌，只有在這種二次菌絲（雙核菌絲）體上，才能產生子實體。構成子實體的組織化了的二次菌絲，即所謂三次菌絲，有時也稱三級菌絲。

任何一種含有或產生孢子的真菌結構，叫做子實體。通常將產生擔孢子的子實體，稱作擔子果；產生子囊孢子的子實體，稱作子囊果。多種傘菌（雙孢蘑菇、平菇、杏鮑菇、白靈菇、香菇、草菇、金針菇、楊樹菇、灰樹花、真姬菇、巴西蘑菇、雞腿菇、美味牛肝菌、松茸、松乳菇、雞

人工栽培的食用菌的子實體的大小，一般為幾釐米至十幾釐米。野生品種個體特大或者特小的均有。如大禿馬勃的子實體可達150釐米×60釐米，湖北神農架的野生蘑菇單個重達1～2千克。栽培平菇單叢重量可達6千克，可算是肉質菌中的巨物。小的如桂花耳，子實體高1～2釐米，柄粗僅1～2毫米。