化糞池一般處於密閉狀態，糞中的有機物在微生物的作用下產生甲烷（沼氣，是可燃冰的有效成分）、硫化氫（臭鴨蛋樣氣味）、二氧化碳等氣體， 人在甲烷濃度達25%～30%的空氣中即可窒息，若再提高濃度，可迅速死亡。搶救不死的可以因為大腦細胞缺氧導致嚴重的神經系統後遺症（大腦缺氧4分鐘即可發生不可逆損傷）。硫化氫濃度達到200毫克/立方米時即可中毒並有神經系統後遺症，達到1000毫克/立方米只要吸一口立即死亡，如同觸電，所以稱為電擊樣死亡。二氧化碳也是窒息性氣體，正常空氣中大約含量為0.03%，當氧氣含量為17%（正常21%），二氧化碳4%時，即可發生窒息，6%可致死。一般化糞池中的氣體三毒俱全，且濃度很高，又聯合作用，基本是下去一個倒下一個，就在去年曾發生一皮革廠機坑中連續死亡7人的事故。如果發現有人中毒，切不可貿然下去搶救，如果要下去救人，首先通風，有條件的使用相關的有害氣體測定儀測試，穿戴防毒面具，這樣才能救人保己。

沼氣的主要成分是甲烷，二氧化碳，氧氣，氮氣，氫氣和硫化氫。

前幾個對人體都是無毒的，但如果密度過高會導致空氣中缺氧，使人窒息。

硫化氫是強烈的神經毒物，有臭雞蛋味，對粘膜有強烈刺激作用。

另外晚上聲音轟鳴也是對居住環境的嚴重危害。

城市市區中是不可以建這種處理廠的。