小腸分為十二指腸、空腸和迴腸，是連線胃的幽門部，長約6～7米的管道。由十二指腸開始，經空腸、迴腸在腹腔內曲折下行，在右下腹部與盲腸（大腸的開始部位）相接。小腸透過蠕動慢慢運送食物，約經過3～4個小時就可運到大腸。食物在這個過程中，接受各種消化液的作用而被充分消化和吸收。(1)十二指腸：自幽門部開始呈“J”字型彎曲，與空腸相接，長約25～30釐米。膽囊和胰臟由一根細管與十二指腸相連，向十二指腸輸送在消化上起重要作用的膽汁和胰液。膽汁可乳化脂肪使其易於消化，胰液則是含有糖、蛋白、脂肪等消化酶的強力消化液。(2)空腸和迴腸：在腹腔裡曲折下行通向盲腸部，其黏膜有許多皺褶。而且黏膜表面生長著密密麻麻的稱為絨毛的小突起，使小腸的吸收面積顯著擴大，同時又加快了吸收速度。絨毛內的毛細血管和淋巴管像網一樣張開，旺盛地攝取吸收進來的養分。另外，在絨毛之間還有許多腸腺開口，分泌含有各種消化酶的腸液。腸液與膽汁和胰液一道作用於食物，在透過小腸的過程中，將食物中的糖、蛋白質、脂肪分別消化分解成葡萄糖、氨基酸、脂肪酸和甘油。(3)小腸的運動和調節：小腸的運動有三種，振子動動、分節運動和蠕動運動。振子運動和分節運動是攪拌腸內的內容物，使食物與腸壁充分接觸以易於吸收；蠕動運動則起運送內容物的作用。小腸的黏膜也能分泌出各種激素以調節腸的功能。腸促胰液肽可促進胰液和腸液的分泌，腸促胰酶素會促使排出胰液，縮膽囊素可促使排出膽汁，縮腸絨毛素具有使黏膜表面的絨毛運動活潑化的作用。