亞馬遜河位於南美洲北部，是世界上流域面積最廣，流量最大的河流。亞馬遜河流域均處在赤道附近，氣候炎熱潮溼，雨量充沛，年平均溫度25～27℃，年均降水量多在1500～2500mm。屬於熱帶雨林氣候，是世界上最大的熱帶雨林分佈地區。流域降水季節分佈比較均勻，幹流水量在不同時期均得到補償，終年豐沛，季節變化較小。每年注入大西洋的水量達69300億m3，為全世界河流注入海洋總水量的1／11。河口平均流量為17．5萬m3/s，洪水期最大流量在22萬m3/s以上，枯水期最小流量也大於2萬m3/s。河道最低水位與最高水位之間的水位變幅超過20m。由於亞馬孫河的幹流和右岸支流均位於赤道以南，所以河水流量的變化主要取決於右岸支流，赤道以北的左岸支流只對於巍洪水期的形成起促進作用，對枯水期的水量起補償作用。因赤道南北雨季不同，所以亞馬孫河流域每年有兩次大洪水，高洪期發生於3～6月，最高水位發生在6月，其洪峰流量佔全年總流量的40％，次洪期出現於10～11月；而6～9月則為枯水期，枯水期流量佔全年總流量的14％。 亞馬遜河流域的氣候溫暖、潮溼和多雨。在赤道(位於亞馬遜河的北面不遠)附近晝長和夜長相等。夜間常常晴空無雲，有利於將晝間12小時內接受太陽的熱量較快地輻射出去。晝間與午夜之間的溫差比最溫暖的月份與最涼爽的月份之間的溫差大，因此夜間便是亞馬遜河流域的冬天。在馬瑙斯日平均高溫為32℃(89℉)，平均低溫為24℃(75℉)。偶爾也出現較冷的時期，特別是在南半球的冬季，當特別強大的氣團從極地向北橫掃亞馬遜河流域，使溫度急劇下降時。在每年的任何時候，幾天大雨之後接著是晴朗的天氣，夜間涼爽，溼度較低。在下游地區，一年內大部分時間有涼爽的信風吹來。 對該地區氣候來說，降水量比溫度更為重要。從大西洋吹來的充滿水氣的風橫越南美洲，當到達安地斯山脈的東坡時被迫上升；這樣，空氣被冷卻，並透過冷凝作用失去水分，其結果是大雨滂沱，彙集成大江大河從安地斯山脈向東流去，並形成如此廣大的亞馬遜河水系。在低地的上空，大面積的對流暴風雨產生很大降水量。 根據降雨情況不同，亞馬遜地區可分為3種氣候型別︰第一種發生在亞馬遜河口區和流域的西部，年平均降水量超過2,000公釐(80吋)，全年雨量分佈很均勻；有些年份降水量可超過正常降水量一倍，在另一些年份可久旱不雨。第二種型別包括亞馬遜大部分地區，有一個季度降水量特別少，但還沒有嚴重到影響植物生長的程度。第三種類型包括沿亞馬遜流域南緣的地區，氣候漸次變化為巴西中西部的氣候，在南半球的冬季有一個更為明顯的旱季。 旱季盛行風向為東北偏東到東南偏東之間的風，7、8月為和風，但在旱季的其餘時間內當陣風有時達到十分強勁時為疾風。這個季節是遊人溯流而上或泛舟順流而下的最佳時間。