骨骼系統通常分三種-外骨骼、內骨骼和水骨骼。共有206塊，但是水骨骼在分類時也可以和其他兩種分開來，因為其沒有堅硬的支援結構。 在骨骼大小相同的情況下，大型的外骨骼結構與內骨骼相比所能支援的重量相對較小，因此，許多大型動物，例如脊椎動物具有內骨骼結構。外骨骼動物例如節肢動物、軟體動物和一些昆蟲，它們的骨骼是一層保護內部器官的殼。

節足動物和軟體動物都具有外骨骼。由於外骨骼限制了動物的生長，這些外骨骼動物找到了不同的解決辦法。大部分軟體動物具有石灰質的殼，並且隨著生長，殼的直徑增大，形狀不變。節肢動物在生長的過程中蛻去舊皮，這個過程稱為蛻皮。生出新的外骨骼後，外骨骼透過不同的方式硬化（例如石灰質、骨質）。 內骨骼由體內堅硬的組織構成，由肌肉系統提供動力。礦物質化或骨質化的內骨骼被稱為骨，例如人類和哺乳動物的骨骼。軟骨是骨骼系統中另一重要的組成部分，起支援和補充骨骼的作用。人的耳和鼻由軟骨定型。有些動物的骨骼完全由軟骨構成而沒有骨質化的骨，例如鯊魚。骨於其他堅硬的結構由韌帶相互連線，而與肌肉系統之間由肌腱連線。

較高等的生物，例如哺乳類、爬蟲類、鳥類等，才有內骨骼，大多數都是脊索動物門的成員。 水骨骼則好像是充滿水的氣球。腔腸動物（例如水母、珊瑚蟲等）和環節動物（例如水蛭）這些具有水骨骼的動物體腔內充滿液體. 提供靜水壓支撐身體，能透過收縮液囊周圍的肌肉實現移動，例如蚯蚓透過改變身體的形狀向前移動。