細胞質基因與細胞核基因一樣，有著雙螺旋結構複製方式也一樣。但不同的是細胞質基因存在於線粒體，葉綠體（植物細胞），質粒（細菌），核糖體中，其中核糖體為RNA其他為DNA。他們主要的不點在於個別遺傳密碼子不同於細胞核基因。而且各細胞器中的基因控制著關於細胞器功能的基因，如線粒體（為細胞提供能量）中的基因跟數十個運動疾病有關係。

細胞質基因和細胞核基因作為生物體內部兩種不同的基因形式，其區別也是顯而易見的，不過它們兩者之間也是存在著一定程度上的聯絡的。那麼，接下來我就來對於細胞質基因與細胞核基因之間的區別及聯絡來進行一個簡單的介紹說明吧！

首先我們來看看細胞質基因與細胞核基因之間的區別，主要可以從六個方面來進行對比：從細胞質基因和細胞核基因的存在部位上來看，細胞質基因主要存在於葉綠體、線粒體和細菌質粒中，而細胞核細胞顧名思義就存在於細胞核之中了；

從二者是否與蛋白質結合上來看，細胞質基因是沒有與蛋白質相結合的，而細胞核基因則與蛋白質相結合為染色體；

從二者的結構上來看，細胞質基因是雙鏈DNA，而細胞核基因也是雙鏈DNA，二者相同；

從二者所具有的功能上來看，細胞質基因具備複製、轉錄和翻譯的能力，細胞核基因也具有複製、轉錄和翻譯的能力，二者也著方面也是相同的；

從二者的基因數量上來看，細胞質基因的基因數量少，而細胞核基因的基因數量多；

從二者的遺傳方式上來看，細胞質基因主要是透過母系遺傳的方式進行，而細胞核基因的遺傳方式則是要遵循著孟德爾的遺傳規律。

其次我們來看看細胞質基因和細胞核基因之間的聯絡：葉綠體和線粒體是細胞質基因的存在之所，但它們二者都是半自主細胞器，因此在這些部位上的細胞質基因的活動也是會受到細胞核基因的控制和制約的；同時細胞核基因的複製和轉錄雖然是在細胞核內進行的，但是翻譯則是在細胞質的核糖體上進行的，而細胞質基因的複製、轉錄和翻譯均是在細胞質的線粒體、葉綠體內完成，這主要是由於線粒體和葉綠體都有著自己的核糖體。