取自天然水域中的水草，或經過長途運輸的水草，先摘掉枯萎莖葉。為防止帶人病原微生物和蟲卵，應先以清水漂洗，洗淨根部汙泥，並進行消毒處理。水草的消毒處理方法主要有以下幾種：(1) 自來水消毒自來水通常含有大量的氯元素，對附著在水草上的病原菌具有一定的殺滅效果，但不能殺死抵抗力較強的細菌或夾在水草植物體內的寄生蟲、水螺等。

(2) 食鹽水消毒將水草浸泡在3%〜5%的食鹽水溶液中， 10秒鐘後立即取出，用潔淨自來水沖洗乾淨。嚴格掌握消毒時間。時間太久，會引起水草組織失水而導致水草腐爛、萎縮甚至死亡；時間不足，達不到殺菌消毒效果。本法的優點是原料來源方便，簡單易行，實用有效。

(3) 碘伏消毒將水草浸人20毫克/升的碘伏溶液中消毒10 分鐘後取出，用自來水沖洗乾淨。碘伏是強氧化劑，具有較強的殺菌和殺蟲力，基本上能殺滅大部分病原菌和寄生蟲。但該溶液宜現配現用，不能在Sunny直射下使用，也不宜連續使用。(4) 硫酸銅或銅鐵合劑消毒將水草用0。

7毫克/升硫酸銅或銅鐵合劑（硫酸銅與硫酸亞鐵合劑，兩者比例為5: 2)溶液浸泡10 分鐘，再用清水洗淨。這兩種溶液殺菌力強，並具有可以連續利用的優點。(5) 亞甲基藍消毒用0。4%亞甲基藍溶液浸泡10分鐘，再用清水洗淨。