除了父母會帶給孩子遺傳性疾病以外，母親在受孕以前及懷孕期間還有很多因素會對胚胎產生影響，造成胎兒的先天性疾病。受孕以前的致畸因素可作用於精子或卵子而引起畸胎。女性體內卵子的成熟過程分為兩個階段，第一階段在女性胎兒期就完成了，第二階段直到卵子成熟而排出前才完成。按照女性排卵規律，一般是1個月排出1個卵子，因此卵巢內其他卵子一直處於兩個階段之間，故各種不良因素都會影響卵子，這就是高齡婦女生下畸形兒的機會要比年輕婦女高得多的原因。而男子精子成熟過程共64天，在受精前如有不良因素影響，也可造成精子異常。正常的胚胎髮育過程要經過受精卵期、胚胎髮育期和胎兒期，在母體內經過大約280天才能發育成熟。但胎兒每個器官的發生、發育成長都有其規律，大部分發生在妊娠早期5～12周。這個時期胚胎對外界的各種致畸因素特別敏感，因此致畸因素對胚胎所產生的影響就很大，可使胎兒致死或造成嚴重畸形。孕3個月後持續到妊娠晚期，胎兒的某些器官還在繼續分化、發育，因而致畸因素能使胎兒個別器官畸形、大腦發育異常或精神發育遲緩。通常所謂的致畸因素有風疹病毒、流感病毒、弓形體、支原體、某些藥物、x射線、香菸中的尼古丁、酒精及汙染的環境等。因此，要想生下一個健康聰明的小寶寶，男女雙方無論在孕前或孕中都要格外注意，排除各種不良因素。

胚胎停止發育有的是胚胎本身發育不好，自然死亡，有的是激素不足以支援胚胎髮育，造成死亡。或宮腔畸型使胚胎無法生長。一些疾病如糖尿病、甲亢等也會使胚胎停止發育。 造成胚胎髮育異常的原因有遺傳因素、有無感染、是否接觸放射性物質、有毒的化學制劑、是否吃了孕期禁忌的藥物、高溫、過度受刺激等等。