1、儲存的方式不同，掃描是運用電腦掃描的，可以存成電子文件，也方便遠端傳遞，如發郵件、上傳等，還可以進行電腦處理。2、用途不同，影印則只會按原來的樣子產生一張紙質的圖片，不能用網路傳遞和電腦處理，但是可以用郵局郵寄。至於清晰度現在的影印技術得到了提高，效果區別不大。

3、效果不同，有一個彩色合格證，用彩色印表機直接進行黑白影印，其中的紅字變成黑色字了。如果用PHOTOSHOP把該彩色合格證先掃描下來，變成灰度圖，然後再列印，其中的紅字呈現淺灰色。直接影印件與掃描後再列印，效果不一樣，影印件顏色深。

從證據角度來說，掃描件是圖片，作為影印件的形式存在，從技術上可以被篡改，因此單單掃描件的證明效力是很低的，除非對方對掃描件認可，否則需要提供其它相關證據進行佐證，形成證據鏈條，掃描件才能作為定案證據，從而具有較高證明效力。 

證明力最強的是加蓋公章的合同原件！但在實務操作過程中存在某些實際困難以致無法獲取原件，只能取得相關傳真件或掃描件，雖然傳真件和掃描件都具有一定的法律效力，但無論是掃描件、傳真件還是原件，只要是合同，就一定要用公章，否則便談不上證明力度。

如果是掃描件最好用彩色掃描，傳真件、掃描件均需保留原件，必要時進行比對，才能真正具備法律效力。