有一年吧在南極發現一個大怪物，人類就去研究它，結果三捅咕兩捅咕給捅咕活了。這下闖禍了，這玩意就和人類幹起來了，最後人類付出慘烈的代價把怪物鎮壓了，南極都打沉了，人類傷亡無數。

人類繼續研究怪物，發現這個怪物挺完美，而人類在精神肉體上比較弱，人類就要透過科技手段往怪物方面發展一下，就實行人類補全計劃。就根據怪物的身體克隆了幾個怪物，就是EVA了，然後找到合適的駕駛員透過LCL水與EVA建立神經聯絡，這樣就能控制EVA了。但是存在如下問題：

和EVA建立神經聯絡後，和別的怪物戰鬥，一旦被打折胳膊打折腿，那麼這種痛苦和本人受到重創感受一樣，所以男主並不喜歡駕駛EVA；

因為EVA是生命體，有潛在的意識，所以存在失控的情況，正常情況下插電纜，失控了就不用電纜了，那麼思想上是怪物了；

存在駕駛員被EVA分解吸收的情況，真嗣他媽就是駕駛EVA時被分解吸收消失了。真嗣也出現過此類情況，但由於意識堅定被分解後又重組成人型，但此人肉體上已經不是人類了，雖然還保持人類的意識。

第十七使徒怪物以人類形象出現成為EVA駕駛員，真嗣對他感覺很好，本來他倆就都是怪物，然後使徒控制2號EVA造反和真嗣駕駛初代大打出手，使徒被真嗣捏死了。但真嗣痛苦了精神掙扎了。

第一，使徒和真嗣已經是同類，但被真嗣捏死了，真嗣覺得不該殺同類；

第二，真嗣是人類的思想，覺得就應該捏死使徒。

這樣思想開始激烈鬥爭，終於認識到，我就是我這個現實，從而思想上解脫，成了一個新人類。人類補全計劃就成功了。