採用微生物來淨化工業以及生活汙水成本最低，而且非常簡單，淨化效果非常出色，具體有下面幾種方法：

1）厭氧處理法。厭氧微生物可以在無氧環境下生存，那麼將這些微生物置入廢水中，就能夠讓廢水中存在的有機物分解成 CO2和CH4 等物質。具體過程大概經過三個步驟：

第一，水解發酵。這個環節主要是廢水中的有機物在厭氧微生物的作用下被分解成較為簡單的有機物，比如纖維物質在厭氧菌的作用下轉化成蛋白質以及糖類等，然後再進一步轉換成脂類以及氨基酸等物質，接著進行轉換就能夠轉變成脂肪酸和甘油等物質。接著新增一些產酸菌，就能夠將這些物質進一步轉換成乙酸、丁酸以及醇類物質。參與這些發酵活動的微生物包括了擬桿菌屬、真細菌以及雙歧桿菌等厭氧微生物。

第二，轉化成乙酸或者氫氣環節。這主要是利用產氫產酸菌將第一階段中間衍生物如丙酸和丁酸和各種醇類等進行轉換，形成乙酸和氫氣，同時伴隨二氧化碳氣體產生。

第三，轉化成甲烷。在這個階段主要是運用產甲烷菌將第二階段生成的乙酸、 氫氣以及二氧化碳進行發酵反應轉化成甲烷。

2）好氧處理法。這種方法就是將好氧微生物放置在擁有大量氧環境下，使之快速繁殖，然後透過好氧微生物對汙水中的有機物進行氧化分解，從而轉化成二氧化碳以及水和硝酸鹽等物質，這樣就能夠實現對汙水的淨化。目前這種方法比較簡單，而且靈活性較強，比如有活性汙泥法以及生物轉盤法等。