1、二者所含物質不同：（1）過氧化物酶體含有約40餘種氧化酶和觸酶；（2）溶酶體內含多種水解酶。2、二者作用不同：（1）過氧化物酶體主要功能是催化脂肪酸的β-氧化，將極長鏈脂肪酸分解為短鏈脂肪酸；（2）溶酶體是分解從外界進入到細胞內的物質，也可消化細胞自身的區域性細胞質或細胞器，當細胞衰老時，其溶酶體破裂，釋放出水解酶，消化整個細胞而使其死亡。3、二者形成過程不同：（1）過氧化酶體：其與線粒體或葉綠體類似，但在過氧化酶體中不含DNA，組成其的蛋白都在細胞核中編碼，在細胞質基質中產生，再透過訊號分選進入過氧化酶體。現在已知的該細胞器的發生有兩種途徑：一是成熟的過氧化酶體經分裂增殖產生子代細胞器；另一種是細胞內的重新發生；（2）溶酶體：內質網上核糖體合成溶酶體蛋白→進入內質網腔進行N-連線的糖基化修飾，溶酶體酶蛋白先帶上3個葡萄糖、9個甘露糖和2個N-乙醯葡萄糖胺，後切除三分子葡萄糖和一分子甘露糖→進入高爾基體Cis面膜囊→N-乙醯葡糖胺磷酸轉移酶識別溶酶體水解酶的訊號斑，然後再將N-乙醯葡糖胺磷酸轉移在1~2個甘露糖殘基上→在中間膜囊由N-乙醯葡萄糖苷酶切去N-乙醯葡糖胺形成M6P配體→與trans膜囊上的受體結合→選擇性地包裝成初級溶酶體。溶酶體功能作用：1、與食物泡融合，將細胞吞噬進的食物或致病菌等大顆粒物質消化成生物大分子，殘渣透過胞吐作用排出細胞；2、在細胞分化過程中，某些衰老的細胞器和生物大分子等陷入溶酶體內並被消化掉，這是機體自身更新組織的需要；3、消化作用，是細胞內的消化器官，細胞自溶，防禦以及對某些物質的利用均與溶酶體的消化作用有關；（1）細胞內消化：對高等動物而言細胞的營養物質主要來源於血液中的大分子物質，而一些大分子物質透過內吞作用進入細胞，如內吞低密脂蛋白獲得膽固醇，對一些單細胞真核生物，溶酶體的消化作用就更為重要了；（2）細胞凋亡：個體發生過程中往往涉及組織或器官的改造或重建，如昆蟲和蛙類的變態發育等等。這一過程是在基因控制下實現的，稱為程式性細胞死亡，註定要消除的細胞以出芽的形式形成凋亡小體，被巨噬細胞吞噬並消化。