長江科學院始建於1951年，是國家水利行業的重點科研單位，是水利部非營利科研機構之一，隸屬水利部長江水利委員會。長江科學院以水利水電科學研究為主，為國家水利事業、長江治理開發和水行政管理提供科技支撐，並面向國民經濟建設相關行業開展技術服務、科技開發。下設12個專業研究所。主要專業有：防洪減災、河流泥沙、水資源與生態環境、水土保持、工程安全與病害防治、空間資訊科技應用，水力學、土工與滲流、岩石力學、水工結構、基礎處理、工程材料、爆破與抗震、機電控制裝置、自動化與水工儀器等。

長江科學院自20世紀50年代起，長江科學院先後為長江三峽、南水北調、長江堤防等200餘項大中型水利水電工程建設、長江干支流河道治理，以及國家自然科學基金專案、水利基礎科研專案、相關行業科研專案和國際援助與合作專案，開展了大量卓有成效的科學試驗研究，提供了7000餘份科研成果。其中，經國家、省部級鑑定的重大科研成果近100項；獲國家、省部級獎300餘項；獲國家實用新型及發明專利30餘項。

長江科學院現有在職職工800餘人，教授級及具有高階技術職稱人員240餘人，博士(後)、碩士130餘人。長江科學院研究生部有二個碩士學位授予點。擁有各類先進科研儀器裝置4000餘臺(套)。在漢口、宜昌、重慶、丹江口設有科研基地。選址於武漢經濟技術開發區的“長江防洪模型”利用世行貸款專案科研基地佔地約600畝，是建國以來國家投資最大的水利科研專案。水利部長江科學院工程質量檢測中心承擔長江流域和西南諸河工程質量檢測。長江計量檢定中心開展有關科研試驗計量，儀器裝置的檢定、校正工作。2000年7月，長江科學院在全國水利科研單位中首家通過了ISO-9001質量體系認證。擁有國家二級檔案館。學術刊物《長江科學院院報》是全國中文核心期刊，在國內外公開發行。2003年，長江科學院榮獲全國五一勞動獎狀。