遊戲分為六章。

第一章講述了地球聯邦的一個殖民地遭到外星人毀滅打擊後,其他邊緣殖民地緊急隔離。其中馬薩拉殖民地警長雷恩為了幫助死水站人民撤退,得罪了聯邦,並受到通緝。這使他夾在異形生物的攻擊與聯邦的追捕中。緊急中抵抗組織領導蒙克多救了他,他便為蒙克多服務,公開抵抗聯邦。

在這一過程中,他認識了迷人的特工凱瑞更少尉,一起的戰鬥中他們產生了感情。但蒙克多為了擊敗聯邦,竟然犧牲了凱瑞更,並將異形引導致聯邦首都行星,無數平民被異形殺死。雷恩很氣氛,他明白蒙克多利用所有的人幫他實現了人族帝國的夢想,他摧毀帝國的防禦系統,逃向外層空間。

。。。。。。最後蒙克多登基成為皇帝。

第二章講述異形主宰如何成功入侵神民家園愛之星。另一條線索是被異形感染而變異的凱瑞更的成長,她完全喪失了人性。

第三章講述神民抵抗異形的入侵。最後神民執行官塔莎達犧牲生命摧毀主宰。同時神民付出慘重的代價。

第四章講述部分神民逃往黑暗聖殿騎士的家鄉暗夜之星,但同時帶來了異形的感染。凱瑞更利用這點欺騙神民,殺死執法官阿爾達瑞斯。最後暗夜之星的異形被黑暗水晶與光明水晶湮滅中爆發的能量摧毀,同時暗夜之星的生態系統也被毀滅性的破壞。

第五章講述地球聯合理事會罷免人族帝國皇帝蒙克多,並俘獲新異形主宰。

蒙克多被雷恩救出。

第六章講述凱瑞更再一次利用個個利益集團的矛盾達到自己的目的。她殺死了很多高貴的靈魂。最後的結尾令人心寒。地球聯合理事會派出的艦隊被凱瑞更的異形全滅,沒有一個人逃回地球報告發生了什麼事;蒙克多逃回哈克爾行星自舔傷口,並打算重建他的人族帝國;神民民選官阿坦尼斯回到暗夜之星重建他們曾經輝煌的文民;雷恩,黑暗聖殿騎士主教澤拉託踏上各自的流浪路程。

只有她,凱瑞更看著她如狼似虎的蟲群而作威作福,她似乎就是宇宙的女皇。邪惡暫時得勝,但凱瑞更隱約感到一個新的威脅。。。。。。。。

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