鹽鹼土中鹽分的變化比土壤養分含量的變化還要大。土壤鹽分分析不僅要了解土壤中鹽分的多少，而且常要了解鹽分的變化情況。鹽分的差異性是有關鹽鹼土的重要資料。在這樣的情況下，就不能採用混合樣品。 鹽鹼土中鹽分的變化垂直方向更為明顯。由於淋洗作用和蒸發作用，土壤剖面中的鹽分季節性變化很大，而且不同型別的鹽土，鹽分在剖面中的分佈又不一樣。例如南方濱海鹽土，底土含鹽分較重，而內陸次生鹽漬土，鹽分一般都積聚在表層。根據鹽分在土壤剖面中的變化規律，應分層採取土樣。

分層採集土樣，不必按發生層次取樣，而自地表起每隔10cm或 20cm採集一個土樣，取樣方法多用“段取” ，即在該取樣層內，自上而下，整層地均勻地取土，這樣有利於儲鹽量的計算。研究鹽分在土壤剖面中分佈的特點時，則多用“點取” ，即在該取樣層的中部位置取土。根據鹽土取樣的特點，應特別重視取樣的時間和深度。因為鹽分上下移動受不同時間的淋溶與蒸發作用的影響很大。雖然土壤養分分析的取樣也要考慮取樣季節和時間，但其影響遠不如對鹽鹼土的影響那樣大。鑑於花鹼土鹼斑分佈的特殊性，必須增加樣點的密度和樣點的隨機分佈，或將這種鹼斑佔整塊田地面積的百分比估計出來，按比例分配斑塊上應取的樣點數，組成混合樣品；也可以將這種斑塊另外組成一個混合樣品，用作與正常地段土壤的比較。