我理解這個問題可能是指“在同一個染色體上的兩個位點（loci）”。

人們一般使用“連鎖不平衡”（LD）去形容在一個群體中非隨機組合的兩個位點。那“連鎖平衡”（Linkage equilibrium）指的就是“隨機組合”（你提到的自由組合）。這主要是因為兩個位點之間發生了“遺傳重組（recombination）”。而距離越遠的兩個位點，往往發生遺傳重組的機率越大。

1、基因重組是造成基因型變化的核酸的交換過程。基因的自由組合定律是遺傳學的三大定律之一 。

2、基因的自由組合是造成基因重組的一種原因，都使得生物體內基因發生變化。

3、從廣義上講，任何造成基因型變化的基因交流過程，都叫做基因重組。而狹義的基因重組僅指涉及DNA分子內斷裂—複合的基因交流。

4、自由組合，只是基因搭配發生變化，但是沒有它不涉及DNA分子內的斷裂複合，因此不包括在狹義的基因重組的範圍之內。

擴充套件資料

1、基因的自由組合：減數分裂（減1後期）形成配子時，隨著非同源染色體的自由組合，位於這些染色體上的非等位基因也自由組合。組合的結果可能產生與親代基因型不同的個體。

2、基因的交叉互換：減Ⅰ四分體時期，同源染色體上（非姐妹染色單體）之間等位基因的交換。結果是導致染色單體上基因的重組，組合的結果可能產生與親代基因型不同的個體。

3、重組DNA技術（注：對轉基因生物和轉基因食品的安全性問題，應該用一分為二的觀點看問題，用其利，避其害。中國規定對於轉基因產品必須標明。）

4、應用：作物抗逆性品種、高產品種定向選育，重組抗原抗體制備，重組蛋白表達，工業微生物育種，科學研究等。