本方主要用於治療中醫辨證為肝氣鬱結、氣滯血淤者。臨床主要表現有：脅肋疼痛，喜嘆息，腹部脹滿，脈弦等。喜嘆息是肝氣鬱結者較常見的表現，長長地撥出一口氣後，才覺得胸中煩悶稍舒。肝氣鬱結在西醫臨床中可表現為多種疾病。較常見的有急性或慢性胃炎、胃潰瘍，急性或慢性肝炎、膽囊炎，生殖系統疾病，神經官能症等。在臨床上，柴胡疏肝丸對乙型肝炎的症狀有良好的治療效果，對急、慢性胃炎、胃潰瘍以及膽囊炎等也有很好的療效。此外，對女性的經前期綜合徵、男性的不射精症等西醫較難治癒的疾病，柴胡疏肝丸也有較好的療效。當然，對這些西醫診斷的疾病，必須經過中醫辨證為肝氣鬱結、氣滯血淤時，用本方才能起到應有的療效。本方疏肝解鬱效力較強，對肝氣鬱結的患者，用之往往起效較快。但應用時必須細心辨證，注意隨證配用其他藥物，以求達到最佳治療效果。　　本方藥性整體上偏溫，陰虛血少的患者須慎用。陰虛血少的表現有：身體羸弱，脈細或脈弱，面色無光澤，午後陣陣發熱，不耐疲勞，容易口渴，經常上火等。　　如服用本方期間出現口燥咽乾、舌紅少苔、心煩失眠等不良反應時，必須立即停藥；在諮詢中醫大夫進行調整之後，才能繼續用藥（如加服滋陰藥物等）。　　此方兼有一定的理氣活血作用，孕婦不可輕易服用，在肝氣鬱結較明顯時，才可在中醫師的指導下考慮此方。