在盧安達和烏干達的軍隊全部撤出剛果(金)東北部領土後，這個地區的各派武裝不斷髮生衝突，造成大量人員傷亡和難民。　　聯合國駐剛觀察團16日在金沙薩說，10月13日，盧安達軍隊剛從南基伍省撤走8天，得到政府支援的當地自衛民兵就攻佔了反政府武裝“剛果民主聯盟”控制的該省第二大城市烏 維拉。“剛果民主聯盟”隨後中斷了與政府的一切聯絡，並進行了反攻。南基伍省的大規模武裝已致使當地7000多名居民越過邊界逃到蒲隆地。　　與此同時，東方省的艾布盧、曼巴薩和布尼亞等地的地方武裝派別也發生了大規模武裝衝突。　　剛果(金)東部地區的衝突已引起國際社會的嚴重擔憂。為防止剛果(金)的衝突蔓延到烏干達，烏干達已在靠近剛烏邊界的剛境內部署了一個營的軍隊。聯合國秘書長安南和非盟執行主席、南非總統姆貝基已同剛果(金)總統卡比拉聯絡，請他設法制止衝突，以免影響剛果(金)的和平與民族和解的程序。剛果(金)政府也發表宣告，呼籲衝突各方立即停止戰鬥，透過和談解決糾紛，儘快實現和平與穩定，以免影響即將進行的全國政治對話。　　1998年8月剛果(金)爆發內戰後，盧安達和烏干達出兵支援剛反政府武裝，而安哥拉、辛巴維（威）和那密比亞則出兵支援剛果(金)政府。今年7月30日，剛果(金)和盧安達兩國政府在南非比勒陀利亞簽署了和平協議。盧安達已於10月5日從剛果(金)撤出全部軍隊。(

1998年8月剛果（金）發生武裝叛亂後，烏、盧共同支援剛果（金）反政府武裝剛果民主聯盟。1999年5月，民主聯盟分裂成兩派，烏、盧各支援一派，烏、盧駐剛果（金）部隊也因此先後於1999年8月和2000年5月在基桑加尼發生武裝衝突。2000年6月，烏干達和盧安達駐剛果（金）部隊達成停火協議，並從當地時間7日零點45分開始實施協議

1990年，僑居在烏干達的圖西族難民組織盧安達愛國陣線（RPF）與胡圖族政府軍爆發內戰。在周邊國家的調停和壓力下，1993年8月，盧安達政府和愛國陣線在坦尚尼亞北部城市阿魯沙簽署旨在結束內戰的和平協定。即將到來的和平令盧安達政府高層中的極端勢力感到恐懼，他們逐漸對朱韋納爾·哈比亞利馬納總統感到不滿，認為他在與愛國陣線的談判中讓步太多。

1994年4月6日，載著盧安達總統朱韋納爾·哈比亞利馬納和蒲隆地總統西普里安·恩塔里亞米拉的飛機在盧安達首都基加利附近被擊落，兩位總統同時罹難。該事件立即在盧安達全國範圍內引發了胡圖族人針對圖西族人的血腥報復。7日，由胡圖族士兵組成的總統衛隊殺害了盧安達女總理、圖西族人烏維林吉伊姆扎納和3名部長。

在當地媒體和電臺的煽動下，此後3個月裡，先後約有80萬至100萬人慘死在胡圖族士兵、民兵、平民的槍支、彎刀和削尖的木棒之下，絕大部分受害者是圖西族人，也包括一些同情圖西族的胡圖族人，盧安達全國1/8的人口消失，另外還有25萬至50萬盧安達婦女和女孩遭到強姦。

同年7月，盧安達愛國陣線與鄰國烏干達的軍隊反攻進入盧安達首都基加利，擊敗了胡圖族政府。200萬胡圖族人，其中一些屠殺參與者，由於害怕遭到圖西族報復，逃到鄰國蒲隆地、坦尚尼亞、烏干達和薩伊（今剛果民主共和國）。數千人由於霍亂和痢疾死於難民營。