細菌、真菌、病毒在生物型別、細胞結構、細胞大小、增殖方式、名稱組成和危害等方面有區別： 1、生物型別 細菌沒有核膜包圍形成的細胞核，屬於原核生物；真菌有核膜包圍形成的細胞核，屬於真核生物。 細菌全部是由單個細胞構成，為單細胞型生物；真菌既有由單個細胞構成的單細胞型生物（如酵母菌），也有由多個細胞構成的多細胞型生物（如食用菌、黴菌等）。 病毒是最微小的、結構最簡單的一類非細胞型微生物。 2、細胞結構 細菌和真菌都具有細胞結構，屬於細胞型生物，在它們的細胞結構中都具有細胞壁、細胞膜、細胞質，但卻存在諸多不同，細菌細胞壁的主要成分是肽聚糖，而真菌細胞壁的主要成分是幾丁質。 細胞質中的細胞器組成不同：細菌只有核糖體一種細胞器；而真菌除具有核糖體外，還有內質網、高爾基體、線粒體、中心體等多種細胞器。 細菌沒有成形的細胞核，只有擬核；真菌具有。四是細菌沒有染色體，其DNA分子單獨存在；真菌細胞核中的DNA與蛋白質結合在一起形成染色體（染色質）。 病毒構造很簡單，外面是一層蛋白質，稱為病毒外殼。 3、細胞大小：原核細胞一般較小，直徑一般為1μm~10μm；真核細胞較大，直徑一般為10μm~100μm。病毒一般病毒直徑在100nm以內。 4、增殖方式 細菌是原核生物，為單細胞型生物，透過細胞分裂而增殖，具有原核生物增殖的特有方式——二分裂；真菌為真核生物，細胞的增殖主要透過有絲分裂進行，因真菌種類的不同其個體增殖方式主要有出芽生殖（如酵母菌）和孢子生殖（食用菌）等方式。 病毒的繁殖過程只在宿主的活細胞中進行，通常將病毒的繁殖方式稱為增殖，分為吸附，注入核酸，合成核酸和蛋白質，裝配，釋放幾個步驟。 5、名稱組成 儘管在細菌和真菌的名稱中都有一個菌字，但細菌的名稱中一般含有：球、杆、弧、螺旋等描述細菌形態的字眼，只有乳酸菌例外（實為乳酸桿菌）；而真菌名稱中則不含有。 6、危害 真菌分為有益真菌和有害真菌。絕大多數對人有益，如釀造工業和生產抗生素、維生素、酶製劑等。但少數真菌對人有致病性。如面板廯菌、白色念珠菌等。 病毒大多數為有害的，可以感染植物、動物（包括原生生物）、真菌、細菌和藍綠藻，人類病毒性感染疾病包括流感、艾滋病、肝炎、麻疹、皰疹、帶狀皰疹、水痘、小兒麻痺症、天花、埃博拉。 細菌既可能有害也可能有益，取決於細菌種類，有益的如腸道細菌和益生菌，有害細菌感染包括霍亂，肺結核，萊姆病，沙門氏菌，葡萄球菌感染，鏈球菌性喉炎，麻風，破傷風。