農民專業合作社理事長或者理事會是執行機構。理事長、理事會由成員大會從本社成員中選舉產生，其產生辦法、職權、任期、議事規則由章程規定。理事長、理事會對成員大會或成員代表大會負責。按照《農民專業合作社法》規定，合作社都要設理事長，且理事長為本社的法定代表人。但理事會可以設立，也可以不設立。合作社是否設立理事會及理事的人數，應由合作社章程規定。規模較小、成員人數很少的合作社，可以依據成員意見，只設立理事長負責合作社的經營管理。規模很小的合作社，也必須設理事長一名，因為合作社需要由理事長作為合作社的法定代表人。農民專業合作社一般由理事長或理事會負責其具體經營管理工作。理事長或者理事會可以按照成員大會的決定，聘任經理和財務會計人員。

農民專業合作社的成員大會是權力機關，它由全體成員組成。所有成員都可以透過成員大會投票等表決方式，集體行使權力，就合作社的重大事項做出決議。法律規定成員大會的職權主要有：

①修改章程。合作社章程的修改，需要由本社成員表決權總數的2/3以上透過。

②選舉和罷免理事長、理事、執行監事或者監事會成員。

④批准年度業務報告、盈餘分配方案、虧損處理方案。

⑤對合並、分立、解散、清算作出決議。

⑥決定聘用經營管理人員和專業技術人員的數量、資格和任期。

⑦聽取理事長或者理事會關於成員變動情況的報告。