基因功能的研究思路主要包括:
1.基因的亞細胞定位和時空(發育期或梯度藥物處理濃度, 不同組織/器官)表達譜;
2.基因在轉錄水平的調控(可以透過genome walking PCR或透過已有的資源庫尋找該基因的啟動子等轉錄調控區域, 透過單雜交或ChIP等技術, 尋找該基因的轉錄調控蛋白)3.細胞生化水平的功能研究(也就是蛋白蛋白作用複合體的尋找驗證,具體方法有酵母雙雜交, GST pulldown, co-IP, BRET, FRET, BiFc等等,對該基因的表達產物做一個細胞訊號轉導通路的定位)4.gain-of-function & loss-of-function: 也就是分別在細胞和個體水平,做該基因的超表達和knockdown(或knockout), 從表型分析該基因的功能.功能研究應從完整的分子-細胞-個體三個層次研究, 綜合分析.關於基因的表達和定位，可以這樣去做：1. mRNA水平檢測基因表達：選擇表達目的基因的組織/細胞（發育不同時期、機體不同部位、加處理因素...），提取RNA，反轉錄，做RT-PCR或real time RT-PCR，檢測基因的表達情況/變化。（或者以northern blot、Rnase protection assay方法，檢測基因的mRNA表達情況/變化。）2. 蛋白質水平檢測基因表達：選擇相應的組織/細胞，以Western blot、免疫組化（OR免疫熒光)檢測目的蛋白的表達。
3. 檢測目的蛋白的細胞定位：將目的基因克隆至帶熒光標籤（如GFP）的表達載體，在適合的模式細胞中表達，在活細胞中觀察蛋白的細胞定位。
基因功能的研究思路主要包括:
1.基因的亞細胞定位和時空(發育期或梯度藥物處理濃度, 不同組織/器官)表達譜;
2.基因在轉錄水平的調控(可以透過genome walking PCR或透過已有的資源庫尋找該基因的啟動子等轉錄調控區域, 透過單雜交或ChIP等技術, 尋找該基因的轉錄調控蛋白)3.細胞生化水平的功能研究(也就是蛋白蛋白作用複合體的尋找驗證,具體方法有酵母雙雜交, GST pulldown, co-IP, BRET, FRET, BiFc等等,對該基因的表達產物做一個細胞訊號轉導通路的定位)4.gain-of-function & loss-of-function: 也就是分別在細胞和個體水平,做該基因的超表達和knockdown(或knockout), 從表型分析該基因的功能.功能研究應從完整的分子-細胞-個體三個層次研究, 綜合分析.關於基因的表達和定位，可以這樣去做：1. mRNA水平檢測基因表達：選擇表達目的基因的組織/細胞（發育不同時期、機體不同部位、加處理因素...），提取RNA，反轉錄，做RT-PCR或real time RT-PCR，檢測基因的表達情況/變化。（或者以northern blot、Rnase protection assay方法，檢測基因的mRNA表達情況/變化。）2. 蛋白質水平檢測基因表達：選擇相應的組織/細胞，以Western blot、免疫組化（OR免疫熒光)檢測目的蛋白的表達。
3. 檢測目的蛋白的細胞定位：將目的基因克隆至帶熒光標籤（如GFP）的表達載體，在適合的模式細胞中表達，在活細胞中觀察蛋白的細胞定位。