RT-PCR就是將RNA先反轉錄為cDNA，在將轉錄得到的cDNA作為模板進行PCR反應擴增目標片段。用於反轉錄的引物根據實驗的具體情況選擇隨機引物、OligodT及基因特異引物的一種。對於短的不具有髮卡結構的真核細胞mRNA三種都可。
隨機引物：適用於長的具有髮卡結構的RNA。適用於rRNA、mRNA、tRNA等所有RNA的轉錄反應。主要用於單一模板的RT-PCR反應。
OligodT：適用於具有PolyA尾巴的RNA。（原核生物的RNA、真核生物的OligodTrRNA和tRNA不具有PolyA尾巴。）由於OligodT要結合到PolyA尾巴上，所以對RNA樣品的質量要求較高，即使有少量降解也會使全長cDNA合成量大大減少。
基因特異引物：與模板序列互補，適用於目的序列已知的情況。
實時PCR也就是qPCR的基本原理與PCR也是一樣的，只是在體系中加入熒光指示，可以對PCR的模板進行定量。
一種是加入熒光染料SYBRGreen，SYBRGreen會嵌入雙鏈DNA的小溝，且只有在嵌入小溝時才會發出熒光，熒光定量PCR沒進行一個迴圈就會對產物進行一次檢測，透過檢測每個迴圈後熒光強度（間接得知DNA的量）從而檢測整個PCR的過程，最後透過標準曲線對未知模板進行定量分析。SYBRGreen不具有特異性，對結果稍有影響。
另一種是加入熒光探針Taqman，PCR擴增時在加入一對引物的同時加入一個特異性的熒光探針，該探針為一寡核苷酸，兩端分別標記一個報告熒光基團和一個淬滅熒光基團。探針完整時，報告基團發射的熒光訊號被淬滅基團吸收；PCR擴增時，Taqman探針在PCR體系中會與目標片段雜交，而在PCR的Extension階段Taq酶以一條鏈為模板合成目標片段，此時Taq酶的5"－3"外切酶活性將結合在模板上的探針酶切降解，使報告熒光基團和淬滅熒光基團分離，從而熒光監測系統可接收到熒光訊號，即每擴增一條DNA鏈，就有一個熒光分子形成，實現了熒光訊號的累積與PCR產物形成完全同步。Taqman特異性強，只有被擴增出目標片段時，才有熒光發出，但是價格昂貴。
RT-PCR就是將RNA先反轉錄為cDNA，在將轉錄得到的cDNA作為模板進行PCR反應擴增目標片段。用於反轉錄的引物根據實驗的具體情況選擇隨機引物、OligodT及基因特異引物的一種。對於短的不具有髮卡結構的真核細胞mRNA三種都可。
隨機引物：適用於長的具有髮卡結構的RNA。適用於rRNA、mRNA、tRNA等所有RNA的轉錄反應。主要用於單一模板的RT-PCR反應。
OligodT：適用於具有PolyA尾巴的RNA。（原核生物的RNA、真核生物的OligodTrRNA和tRNA不具有PolyA尾巴。）由於OligodT要結合到PolyA尾巴上，所以對RNA樣品的質量要求較高，即使有少量降解也會使全長cDNA合成量大大減少。
基因特異引物：與模板序列互補，適用於目的序列已知的情況。
實時PCR也就是qPCR的基本原理與PCR也是一樣的，只是在體系中加入熒光指示，可以對PCR的模板進行定量。
一種是加入熒光染料SYBRGreen，SYBRGreen會嵌入雙鏈DNA的小溝，且只有在嵌入小溝時才會發出熒光，熒光定量PCR沒進行一個迴圈就會對產物進行一次檢測，透過檢測每個迴圈後熒光強度（間接得知DNA的量）從而檢測整個PCR的過程，最後透過標準曲線對未知模板進行定量分析。SYBRGreen不具有特異性，對結果稍有影響。
另一種是加入熒光探針Taqman，PCR擴增時在加入一對引物的同時加入一個特異性的熒光探針，該探針為一寡核苷酸，兩端分別標記一個報告熒光基團和一個淬滅熒光基團。探針完整時，報告基團發射的熒光訊號被淬滅基團吸收；PCR擴增時，Taqman探針在PCR體系中會與目標片段雜交，而在PCR的Extension階段Taq酶以一條鏈為模板合成目標片段，此時Taq酶的5"－3"外切酶活性將結合在模板上的探針酶切降解，使報告熒光基團和淬滅熒光基團分離，從而熒光監測系統可接收到熒光訊號，即每擴增一條DNA鏈，就有一個熒光分子形成，實現了熒光訊號的累積與PCR產物形成完全同步。Taqman特異性強，只有被擴增出目標片段時，才有熒光發出，但是價格昂貴。