軍閥

是指在正常的國家體系內，由自成派系的軍人組成軍事集團，對國家地域劃分勢力範圍，使用軍事手段割據一方，並控制其割據地的行政，司法，教育，稅務等政府機構和所屬官員的任命。軍閥是國家中央政府和中央集權衰弱的產物。軍閥一般都無視中央政府的存在，有的甚至與中央政府分庭抗禮。其軍事集團只服從於軍事首領，並不服從於中央政府。

藩鎮

亦稱方鎮，是唐朝中、後期設立的軍鎮

幕府

本指將領的軍帳，但在日本的特殊狀況下，演變成一種特有國情的政治體制。日本古代有著長期軍人干政的歷史，幕府政治(ばくふ)（Bakufu Politics，or shogunatepolitics）即為日本封建武士透過幕府實行的政治統治，又名武家政治。幕府是古時日本一種權力曾一度凌駕於天皇之上的中央政府機構。

軍閥，既有土地人民，又有錢糧軍隊，基本上是獨立王國的存在。中國歷史上軍閥割據比較厲害的，如五胡十六國、五代十國時期，短暫軍閥割據時代比如各朝開國定鼎天下之前，東漢初年、唐初、明初等。

藩鎮在安史之亂前只不過是自主權較高的大軍區，安史之亂後逐漸蛻變成和軍閥類似的存在。但又有所不同，藩鎮的繼承理論上要得到皇帝的承認。隨著中央和地方實力的變化，也不是不存在朝廷移封的可能，互相之間也有攻伐，自中唐至五代十國至宋初才完全敉平。

幕府如果題主問的是中國的幕府，一般指高階官員的參謀機構，偏軍事化，魏晉南北朝時期的開府儀同三司就是最典型的幕府形式，官員開府，招募自己的班子。其後直至明清，高階官員如督撫都有自己的班子，一般也把這些人稱為幕客、幕賓、幕僚，通俗地說師爺就是幕府中的一員。

如果題主問的是日本幕府，那其實是從源賴朝開始建立的一種統治方式。從鎌倉幕府直至江戶幕府，大致是中央由幕府將軍統治，地方則交給各地大名治理，制度則各有不同，大趨勢是幕府逐漸加強對地方的控制。幕府將軍和大名之間有確切的名分關係，但又有別於上下級，可以想象為春秋時代周天子和列國的關係。

比較起來，軍閥的獨立性應該是最強的，甚至是獨立建國稱帝；藩鎮在晚唐鬧得很兇，基本上也是實質的軍閥了；幕府制度下，大名基本還算安分，國家保持名義上的統一，特別是江戶幕府時期，透過德川家的一系列法度，基本上管住了大名不內鬥也不起來反對幕府（幕末就不行了）