轉基因植物一般具有以下特點：①轉基因植物一般都有一個選擇標記基因，因為只有部分細胞能被轉化，抗性標記可以幫助選擇、殺死非轉化細胞，使轉化細胞繼續生長。選擇標記基因在再生植株中持續表達，並存在於所有轉基因植物的後代中。

②轉基因植物中外源基因的插入位點和複製數有很大的變異。轉化植株中匯入的外源基因的複製數可以是1個或多個，偶爾可高達20～50個；T-DNA在染色體上的插入位置是隨機的，它可以插入到受體植物的任何一條染色體上，插入位點不同，可使轉基因植物具有不同的表型和遺傳特性。

③轉基因的表達具有組織和發育特異性，其表達水平和穩定性隨不同植物而不同，且受環境的影響。選用適當的啟動子，可使所轉基因在不同器官、組織中或在不同發育階段表達，其表達水平與啟動子的種類、基因的插入位點、基因的甲基化、轉錄後及翻譯後調控等有關。

④所轉基因往往有多效性，即對轉基因植物中的非編碼性狀有影響。

⑤轉基因植物存在體細胞變異。組織培養引起體細胞變異是常見的現象。

⑥所轉基因與植物中的其他基因之間可以發生相互作用。轉基因既可影響植物中原有基因的表達（如共抑制），也可與植物中其他基因相互作用，引起性狀的改變。轉基因植物所具有的上述一系列特點是評價其安全性的重要參考依據。