首先，長跑運動和短跑運動最根本的卻別是無氧運動和有氧運動的區別。長跑運動屬於有氧運動，而短跑運動屬於無氧運動。有氧運動是指身體在任何富韻律性下的運動。無氧運動是指肌肉在缺氧的情況下，進行的高度劇烈運動。另外無氧運動很難進行持續性的運動，運動是產生的負荷強度比較高，瞬間性也比較強。在運動過程中身體會產生大量的乳酸，身體恢復時間也比較長。簡而言之就是短跑運動要得是運動員的瞬間爆發力，誰的爆發力強，在比賽中才能取勝。

其次，在長跑運動中，身體的消耗相比短跑運動消耗要大許多。同時對於身材肥胖的運動員來說，運動時產生的消耗會比一般運動員也要大許多。在長時間的訓練和比賽中，長跑運動員的身材會越來越勻稱，也顯得更為細長。

最後，長跑運動員和短跑運動員的飲食不同。由於運動員體內的營養消耗不同，這就需要在飲食中補充不同的營養成分。長跑運動員在比賽中主要比賽的是運動員的耐力，這就需要為長跑運動員補充糖類和遊離脂肪酸，來增強長跑運動員的耐力。短跑運動員在比賽中主要是瞬間爆發力，運動劇烈，這就需要為短跑運動員補充糖類和磷酸，在增強短跑運動員的瞬間爆發力。

田徑競賽規則規定：400米（含）以下的專案為短跑，800米（含）以上的專案為長跑。二者的不同有以下幾個方面：

一是短跑屬於無氧運動，而長跑屬於有氧運動；

二是在田徑比賽中，規則規定短跑用蹲踞式起跑，而長跑用站立式起跑；

三是短跑運動員需要有較強的爆發力，腿部力量、核心力量要強，而長跑剛不需要爆發力，需要有較強的耐力；具體來說，短跑運動員身材強壯，長跑運動員身材勻稱；

四是二者的訓練方法不同，短跑講求步幅與步頻的訓練，而長跑講求一般耐力和速度耐力的訓練。