1.經營範圍不同

旗艦店：屬於自己旗下的品牌且只賣自己的品牌，只有一個品牌，而不會出現其它不相干的品牌。

專賣店：專賣店算是一種加盟店，是由大品牌企業授權，並不是企業自己所開設的店鋪，是把自家的品牌授權給他人，比如耐克、阿迪達斯，只要授權了就准許它在網上賣。

專營店：可同時經營自己品牌和他人品牌，但只做一種物品，比如只做衣物，可以做多個不同品牌，比如衣服的專營店，可以做CK的衣服，也可以做阿迪達斯的衣服，甚至可以做其他多個品牌，品牌數量沒有限制。

2.經營主體不一樣

旗艦店：屬於自有品牌企業，其所註冊的企業必須為申請天貓店鋪的企業法定代表人。

專賣店：經營者必須取得該品牌的企業公司正式授權書或者企業法人授權書等。

專營店：必須持有在中國大陸所註冊申請的企業法人。

3.品牌資質不一樣

旗艦店：天貓旗艦店是必須持有國家商標總局頒發的商標註冊證或商標受理通知書，要註冊企業商標。

專賣店：開專賣店需要二樣東西，一個是品牌持有者所出具的國家商標總局頒發的商標註冊證，而另一種是申請開店企業提供的品牌所有者出具正規申請書。並且需要提供身份證影印件並在授權書上簽字。

專營店：在經營他人或自有品牌，經營讓人品牌需提供完整的申請書，品牌持有人的商標註冊證明。自有品牌只要提交自己的品牌授權書即可。