目前治療肛瘻唯一有效的方法是手術，而肛瘻的分類又對選擇手術方式關係極大。因此，準確地對肛瘻進行分類就顯得十分重要，應該引起足夠的重視。肛瘻的分類方法很多，有按內、外口分類；按瘻道與肛門括約肌關係分類；按瘻道形狀分類；按瘻道深、淺、分支分類；按病理、病因分類等等，以上各種分類方法，都為臨床所採用。但使用比較普遍的還是按瘻道深、淺、分支分類方法。現在全國已制定出統一的分類方法、具有較強的科學性、代表性和權威性。現將各種分類方法介紹如下。　　(一)按內、外口分類1、內外全瘻：內口在肛竇，外口在肛門外，借一瘻道使內、外白相通。2、內半瘻：只有內口、瘻道，無外口。3、外半瘻：只有外口、瘻道，無內口。4、內全瘻，瘻道的兩個開口均在齒線上，借一瘻道相通。此種瘻道多是粘膜下瘻。5.外全瘻：瘻道的兩個開口均在肛門面板上，借一瘻道相通。此種瘻道多是皮下瘻。　　(二)按瘻道與肛門括約肌關係分類1、淺肌間瘻：內口在肛竇，外口在肛門外，瘻道在肛門外括約肌淺層與皮下層之間透過。2、深肌間瘻：內口在肛竇，外口在肛門外，瘻道在肛門外括約肌淺層與深層之間透過。3、肌外瘻：內口在肛竇，外口在肛門外，瘻道在肛門外括約肌皮下層與肛門皮下間透過。4、肌內瘻：內口在直腸粘膜上，外口在肛竇，瘻道在肛門內括約肌與直腸粘膜下層之間透過。5、肛提肌上瘻：內口在肛竇，外口在肛門外，瘻道穿過肛提肌，透過骨盆直腸間隙。　　(三)按瘻道形狀分類1、直瘻；管道垂直，內、外口相對，形成一條直線。2、彎曲瘻：管道行徑彎曲，內、外口不相對。3、馬蹄形瘻(1)前馬蹄形瘻：內口多在肛管前正中偏向兩側的肛竇，外口多在肛門橫線之前的會陰左右兩側，兩田瘻道圍繞肛門前半圈與內口相通。(2)後馬蹄形瘻：內口多在肛管後正中或稍偏向左右兩側的肛竇，外口多在肛門橫線之後左右兩側，兩側瘻道圍繞肛門後半圈與內口相通。　　(四)按瘻道深、淺、分支分類1、低位單純性肛瘻；只有一瘻管，並透過外括約肌深部以下，內口在肛竇附近。2、低位複雜性肛瘻：瘻管在外括約肌深部以下，外口和瘻道有二個以上者，內口在肛竇部位。3、高位單純性肛瘻：僅有一個瘻道，瘻管穿過括約肌深部以上，內口位於肛竇部位。4、高位複雜性肛瘻：有二個以上外口及瘻管有分支，其主管透過外括約肌深部以上，有一個或二個以上內口。　　(五)按病因、病理分類1、非特異性肛瘻(即化膿性肛瘻)：是最常見的肛瘻，一般多為大腸桿菌、葡萄球菌、鏈球菌等所致的急性感染，區域性紅、腫、熱、痛明顯，膿液多呈黃色，質粘稠。2、特異性肛瘻：又可分為結核性和放線茵性肛瘻，前者是結核桿菌感染，後者是放線茵感染。此類肛瘻區域性紅、腫、熱、痛不明顯，膿液多稀薄，呈乾酪樣分泌物流出，或混有均勻的米粒大小的硫磺色腰粒。　　(六)全國統一的分類標準1、低位單純性肛瘻；只有條管道，且位於肛管直腸環以下。2、低位複雜性肛瘻：具兩條以上管道，位於肛管直腸環以下，且有兩個以上外口或內口。3、高位單純性肛瘻：只有一條管道，穿越肛管直楊環或位於其上。4、高位複雜性肛瘻：管道有兩條以上，位於肛管直腸環以上，且有兩個以上外口或內口。