遊戲開始，世界上很多人都因為不明的原因沉睡不起，包括主角和關東地區前任冠軍，博士決定對主角使用一個裝置讓他醒來，讓主角來到剛到芳緣地區的第一天。

隨後來到這個畫面，走到紅色入口前進入，其它兩個都進不去 主角和媽媽來到芳緣地區的第一天 老樣子，到了新家上樓調時間 然後前往博士的家，上二樓和他兒子勁敵對話 在前往101道路，遇到博士被野生的蛇紋熊追著，上前開啟他的包，從圓企鵝、小火猴和嫩苗龜中選一個 打贏野生的蛇紋熊，表示感謝，小田卷博士會把圓企鵝送給你，讓你去101道路 沿著101道路來到古辰鎮，繼續往前走，穿過103號道路來到Phantom之森，遇到索羅亞克偽裝的的勁敵 勁敵上前，告訴主角它是偽裝的，被識破的索羅亞克和主角小精靈對戰，打贏它，它會自動跟著你走。之後勁敵發起挑戰，讓你準備好就去103道路接受他的挑戰 勁敵的PM會根據主角選的小精靈而改變。打贏勁敵後，為表示下次遇到對方不會被小精靈的Phantom所騙，勁敵給主角半個愛心球，如果不知道對方的真偽，拿出這半個愛心球就可以啦。之後一起回到研究所。小田卷博士交給主角精靈圖鑑，勁敵送主角精靈球 出去後媽媽上前送主角跑鞋 然後出發前往橙華市，從未白鎮到橙華市的草叢可遇到木守宮、小火龍、小火雞等御三家，個人感覺捕獲率不高。未白鎮上方草地可捕捉草系御三家 古辰鎮上方是水系御三家 古辰鎮左邊是火系御三家 古辰鎮往左走到102號道路，遇到火箭隊三人組， 說你之前獲得的索羅亞克很稀奇，要來搶，派出喵喵 此時，畫面轉到剛開始的研究室兩人對話，阿克羅瑪覺得用這個裝飾讓主角恢復的情況超出了預期的效果，不太對勁 繼續向左走，來到橙華市父親的道館，小光也來了，請求父親幫他抓一隻小精靈，他即將搬去綠盟鎮。父親讓主角陪他一起去抓小精靈。隨後小光興高采烈的走了，父親讓主角先去卡那茲市打道館，然後再去別的道館。繼續往走上放走到橙花森林，遇到德文公司職員，水艦隊成員出現，主角和他對戰，9級土狼犬。打敗他後，德文公司職員會送主角超級球。從水艦隊成員口中，要去卡那茲市幹壞事 往前走到104號道路 進入104號道路花店，和裡面的人對話，會得到紅蘋和吼吼鯨灑水壺 花店出來像右上方走到卡那茲市，卡那茲市小精靈中心左側房子，進入和裡面的男子對話，可以獲得技能機器居合斬（需要岩石道館徽章才能使用），用來砍斷擋路的小樹 進入小精靈中心右上方的精靈訓練師學校，和講臺上的老師對話，會贈主角技能機器先制之爪

口袋妖怪漆黑的Wraith5.0圖文攻略：

1.在小田卷博士的引導下正式開始黑魅之旅，成功進入遊戲以後，按照遊戲相應流程選擇好你所要的別、名字，接著你會進入首發場景，你和女主小遙都進入了不明原因的沉睡；

2.其實你們進入了夢境，在夢境中，漆黑創世傳說給出了一二三週目地區的預告；迴歸現實世界，你在成長過程中要選擇自己的初始精靈從而進行戰鬥，你會開始很多戰鬥，跟索羅亞假扮的小遙搶老人精靈球的水艦隊小兵等等；

3.最後，你要回歸現實世界，去水靜市挑戰六大地區的隊伍，對方PM的等級等於隊伍中最高階PM；

4.挑戰順序為八個館主，及四天王和冠軍；

5.順利挑戰成功後，遊戲通關結束。