可採用以下兩種方法之一：方法一:（1）在已知高程的點上擺設儀器，整平、對中。（2）輸入測站高程、儀器高。（3）在待測點豎立稜鏡，儀器照準稜鏡，輸入稜鏡高，測量。（4）儀器顯示的高程即為測點高程（既標高）。方法二:（1）在任意點擺設儀器，整平。（2）先假設測站高程為0，輸入儀器中，並輸入儀器高。（3）在已知點豎立稜鏡，儀器照準稜鏡，輸入稜鏡高，測量。（4）假設儀器中顯示的高差為h，已知點的高程為H，則測站的高程為H-h，把這個數輸入儀器中（5）執行方法一中的步驟（3）、（4）若採用方法二，有些全站儀都提供一種類似於這樣的功能：輸入已知點的高程，先在已知點豎立稜鏡測量一下，然後直接測量待定點，無需執行步驟（4）。

全站儀測量標高可以採用水準儀法。 把全站儀當水準儀用，天頂距/垂直角調為90/0度，注意正倒鏡測量分別觀測取中值。就可以測量到標高。 全站儀的望遠鏡實現了視準軸、測距光波的發射、接收光軸同軸化。同軸化的基本原理是：在望遠物鏡與調焦透鏡間設定分光稜鏡系統，透過該系統實現望遠鏡的多功能，使之成像於十字絲分劃板，進行角度測量。 同時其測距部分的外光路系統又能使測距部分的光敏二極體發射的調製紅外光在經物鏡射向反光稜鏡後，經同一路徑反射回來，再經分光稜鏡作用使回光被光電二極體接收。