旗艦店是指某一品牌在某城市中最大且最為豐富齊全的營業店，或擁有最快上市速度等特點為一體的專門店或專營店。 旗艦店和普通店的區別如下：

1、位置不同 旗艦店一詞來自歐美大城市的品牌中心店的名稱，其實就是城市中心店或地區中心店，一般是某商家或某品牌在某地區繁華地段、規模最大、同類產品最全、裝修最豪華的商店，通常只經營一類比較成系列的產品或某一品牌的產品，比較常見的有化妝品品牌旗艦店、服裝品牌旗艦店、眼鏡旗艦店、傢俱品牌旗艦店等。

2、競爭性不同 旗艦店通常都是廠家直營的，並非代理加盟性質，這就決定了店裡所有的開銷包括員工工資都是由廠家直接承擔，又加之以名牌為銷售帶來很大的優勢，故旗艦店裡銷售額都相對穩定，也就是說營業員的收入是很可觀的。 所以工作的熱心及積極性難免大打折扣，然而他們卻沒有意識到自己是“旗艦店”的員工，也不清楚自己肩負的使命及個人形象的重要。

3、經營主體和範圍的不同 旗艦店是自有品牌企業，就是說旗艦店所經營的品牌必須為店鋪的企業所有或企業法定代表人所有。普通店的經營者必須是在中國大陸註冊的企業法人，相對來說要求比天貓旗艦店更低。 旗艦店可以經營同一品牌、同一個一級類目下的所有產品，或者是經營多個自有品牌商品且各品牌歸於同一實際控制人。普通店則可以經營兩個以上他人品牌商品，也可以即經營他人品牌商品又經營自有品牌商品，還可以經營兩個及以上自有品牌商品。