蛋白質的一級結構也叫蛋白質的共價結構，是指氨基酸在多肽鏈上的排列順序。如果一種蛋白質含有二硫鍵，那麼其一級結構還包括二硫鍵的數目和位置。

這裡補充一下二級結構。是指多肽鏈的主鏈部分(不包括R基團)在區域性形成的一種有規律的摺疊和盤繞，其穩定性主要由主鏈上的氫鍵穩定。(也就是說二級結構的形成靠氫鍵而不是共價鍵)。

然後，三級結構。

三級結構是指構成蛋白質的多肽鏈在二級結構的基礎上，進一步盤繞，捲曲和摺疊，形成特定的空間結構，它包括了肽鏈上所有原子的空間排布。

穩定三級結構的化學鍵主要是次級鍵，包括氫鍵、疏水鍵、離子鍵、範德華力。有的金屬蛋白還藉助於金屬配位鍵來穩定它們的三級結構。此外，屬於共價鍵的二硫鍵也參與穩定許多蛋白質的三維結構。

要從本質上認定這個二硫鍵究竟是屬於一級結構還是三級結構。才能知道若其斷裂，破壞的是幾級結構。

不要單獨把化學鍵拿出來看問題，就像氫鍵，二級結構是用氫鍵穩定的，而三級結構也是用氫鍵穩定的。只不過，穩定二級結構的氫鍵供體和受體來自主鏈，而穩定三級結構的氫鍵供體和受體一般則來自R基團，例如羥基氨基酸的羥基和酸性氨基酸的羧基。

同理，穩定一級結構的二硫鍵和穩定三級結構的二硫鍵，如果是穩定三級結構的二硫鍵斷了，自然不會影響到穩定一級結構的二硫鍵，一級結構並沒有被破壞。