我覺得你對他們的理解有些誤差。

首先從組成結構上說，一級結構，二級結構，三級結構。至此是一條摺疊了的肽鏈。我們也稱之為亞基。

所以一個亞基就是一條多肽鏈。

2. 一般在X射線晶體學衍射實驗繪製的電子密度圖中是可以看見一條肽鏈（少數情況下倆條或者多條）連線著一塊一塊的區域，能看到明顯的裂縫，像下圖這樣

於是我們稱這些個單獨的區域為結構域。

明確了這倆個概念後，就好理解了：一個蛋白質可能是是一條肽鏈，也有可能是倆條或者多條肽鏈（亞基）以極性鍵的形式連結的（結構學上把多個亞基的數目和排列還稱為四級結構）。如果一個蛋白只由一條肽鏈組成的話，結構域就是亞基（這條肽鏈，也就是這個蛋白）的一部分；如果這個蛋白是多個肽鏈組成的話，那麼結構域就有可能包含了許多個亞基（肽鏈）。

所以亞基是從結構學上肽鏈的代稱，而結構域是從電子密度圖而來的一片具有生物學功能的區域的名稱。

回到題目裡來：結構域具有生物學功能沒錯，可是亞基不能說完全不具有生物學功能，如果蛋白質只有一條肽鏈組成，那麼這個蛋白質本身就是一個亞基，當然具有生物學功能。不過一般大家說到亞基都指的是多肽鏈的蛋白質罷了。而有沒有生物學活性和有沒有完整的三級結構有什麼關係呢？