因為危害水族箱的藻類種類有很多，而這些藻類的生長特性以及造成的危害狀態也是不盡相同的，因而在大量發生藻類蔓延的水族箱中準備完全消除藻類實在不是一件容易的事。

一般使用去除藻類的方法，大致可分為生物去除法、人工去除法以及藥劑去除法這三種。如果單獨使用其中的一種方式，可能很難達到圓滿的去除的預定效果。但是，如果將各種方法配合使用，並同時進行處理時，就較為容易達到預期的去除效果。

藥劑去除法主要是使用水族市場出售的各種除藻劑來進行直接殺滅藻類的作用，效果最為顯著，但也最具有危險性，所以要慎重使用。除藻劑的效果根據各個品牌的配方不同，因而產生的作用也有所不同。如果依照其化學成份來區別，可分為無機除藻劑和有機除藻劑兩種，無機除藻劑主要的配發為易溶性的銅化合物；有機除藻劑則是使用各種能夠導致藻類生理作用功能失常的水溶性有機化學藥劑配製而成的，不僅種類較多，而且產生的作用也各自不同。

無機除藻劑中的易溶性的銅化合物能降低藻類光合作用酵素的活性，抑制化酶（invertase）的活性，這是因為轉化酶其中的一個作用位置與銅離子發生結合；此外，還啟到抑制藻類的呼吸作用。所以，藻類在使用這類藥劑產生的作用之下，其生長將會完全停止，並且無法正常地使用光合產物以及葉綠素逐漸分解、白化，致使藻體死亡。

然而，除藻劑的作用依照其各自型別的濃度以及藻類的種類不同而在使用中的發揮效果也不同，而且通常情況下，除藻劑在稀釋的狀態下可以傷害藻類，而在使用劑量較大致使濃度偏高的情況下，對魚類、水草等水族生物也會產生一定程度的傷害，因此，只有根據說明，並且嚴格按照說明上所指示的使用劑量來新增、使用，才可以用來殺滅各種藻類而不傷害到魚類、水草等其他水族生物以及不致於產生其他的不良後遺症。