甲醇的中毒機理是，甲醇經人體代謝產生甲醛和甲酸（俗稱蟻酸），然後對人體產生傷害。常見的症狀是，先是產生喝醉的感覺，數小時後頭痛，噁心，嘔吐，以及視線模糊。嚴重者會失明，乃至喪命。甲醇本身無毒，而代謝產物有毒。甲醇和乙醇在人體的代謝都是同一種酶，而這種酶和乙醇更具親和力。因此，甲醇中毒者，可以透過飲用烈性酒（酒精度通常在60度以上）的方式來緩解甲醇代謝，進而使之排出體外。而甲醇已經代謝產生的甲酸，可以透過服用小蘇打（碳酸氫鈉）的方式來中和。丙酮屬於常用危險化學品，易溶於甲醇，CH₃OH + O₂ → CO₂ + H₂O，丙酮長期接觸會出現眩暈、灼燒感、咽炎、支氣管炎、乏力、易激動等。面板長期反覆接觸可致皮炎。丙酮燃燒可產生一氧化碳、二氧化碳。建議操作人員佩戴過濾式防毒面具（半面罩），戴安全防護眼鏡，穿防靜電工作服，戴橡膠耐油手套。

甲醇主要作用於神經系統,具有明顯的麻醉作用,可引起腦水腫。甲醇的麻醉濃度與LC較接近,故危險性較大。對視神經和視網膜有特殊的選擇作用,易引起視神經萎縮,導致雙目失明。甲醇蒸氣對呼吸道粘膜有強烈刺激作用。甲醇的毒性與其代謝產物甲醛和甲酸的蓄積有關。以前認為毒性作用主要為甲醛所致,甲醛能抑制視網膜的氧化磷酸化過程,使膜內不能合成ATP,細胞發生變性,最後引起視神經萎縮。近年研究表明,甲醛很快代謝成甲酸,急性中毒引起的代謝性酸中毒和眼部損害,主要與甲酸含量相關。甲醇在體內抑制某些氧化酶系統,抑制糖的需氧分解,造成乳酸和其他有機酸積聚以及甲酸累積,而引起酸中毒。

一般認為,甲醇的毒性是由其本身及其代謝產物所致的。