一、微生物有害的作用:1.導致傳染病的流行。在人類疾病中有50%是由病毒引起。2.有些微生物是腐敗性的,即引起食品氣味和組織結構發生不良變化。3.微生物能夠致病,能夠造成食品、布匹、皮革等發黴腐爛。二、微生物有益的作用:1.很多菌種的次級代謝產物是對人類疾病非常有用的抗生素。如綠色絲狀菌產生的青黴素。2.一些微生物被廣泛應用於工業發酵,生產乙醇、食品及各種酶製劑等;一部分微生物能夠降解塑膠、處理廢水廢氣等等,並且可再生資源的潛力極大,稱為環保微生物。3.由於微生物生長週期短,繁殖迅速等特點,被用於遺傳育種上,具有重要意義。微生物與人類的生產、生活和生存息息相關。有很多食品(如醬油、醋、味精、酒、酸奶、乳酪、蘑菇)、工業品(如皮革、紡織、石化)、藥品(如抗生素、疫苗、維生素、生態農藥)是依賴於微生物製造的;微生物在礦產探測與開採、廢物處理(如水淨化、沼氣發酵)等各種領域中也發揮重要作用。微生物是自然界唯一認知的固氮(如大豆根瘤菌)與動植物殘體降解者(如纖維素的降解),同時位於常見生物鏈的首末兩端,從而完成碳、氮、硫、磷等生物質在大迴圈中的銜接。若沒有微生物,眾多生物就失去必需的營養來源、植物的纖維質殘體就無法分解而無限堆積,就沒有自然界當前的繁榮與秩序或人類的產生與維續。微生物與人類健康密切相關。多數微生物對人體是無害的。實際上,人體的外表面(如面板)和內表面(如腸道)生活著很多正常、有益的菌群。它們佔據這些表面併產生天然的抗生素,抑制有害菌的著落與生長;它們也協助吸收或親自制造一些人體必需的營養物質,如維生素和氨基酸。這些菌群的失調(如抗生素濫用)可以導致感染髮生或營養缺失。然而另一方面,人類與動植物的疾病也有很多是由微生物引起,這些微生物叫做病原微生物或病原。