龜腐甲的治療比較麻煩，主要是厭氧菌，會經常反覆而治療不徹底！嚴重的腐甲就會讓細菌侵蝕內臟而造成龜死亡。

首先需要購買一些外用藥：雙氧水或高錳酸鉀片劑、碘伏、紅黴素眼膏；這幾個外用藥藥店都有售，也很便宜

準備一根針，用雙氧水消毒後，輕輕的波動腹甲很軟的那個地方（這個地方顏色會很暗，明顯的感覺到和周圍堅硬的甲殼有不同）。如果是爛甲病，是成渣狀的，不是堅硬的殼。所以用針輕輕的挑都可以挑掉。仔細清理所有成渣狀的甲殼，要清理乾淨，否則很容易反覆的！清理掉可能就會出現一個洞或者凹坑。會比較醜，但是隻有這個辦法才行！清理後用棉棒沾雙氧水或者碘伏清理凹坑以及周圍。清理後，將買的高錳酸鉀片劑刮成粉末（如果你可以買到高錳酸鉀粉末就不需要再處理了），將粉末撒在凹坑的地方。這個作用就是用高錳酸鉀燒爛甲創口的厭氧菌。最後把紅黴素眼膏塗抹在凹坑裡蓋住附了一層高錳酸鉀的創口。

最後，就是需要幹養，靜養。爛甲病挺難治的，但是需要你有耐心。如果清理爛甲的過程有出血症狀，頭幾天龜最好不要泡水。如果未出現出血等問題，那麼每天泡水2次，每次15分鐘，有食慾的龜就在泡水時喂他東西。15分鐘後就是雙氧水消毒創口，摸紅黴素眼膏幹養。

被高錳酸鉀燒過的甲殼會呈現褐色或者紫色，看起來會有點醜。不過這樣的治療需要持續到創面長出新的甲殼才可以恢復放水裡養的狀態。