76集 柯南vs怪盜基德

132集 魔術愛好者殺人事件(事件篇)

133集 魔術愛好者殺人事件(疑惑篇)

134集 魔術愛好者殺人事件(解決篇)

219集 被召集的名偵探!工藤新一vs怪盜基德

356集 怪盜基德的驚異空中步行

394集~396集 奇異屋宇的大冒險

469集 怪盜基德與四幅名畫(前篇)

470集 怪盜基德與四幅名畫(後篇)

472集 工藤新一少年時的冒險(前篇)

473集 工藤新一少年時的冒險(後篇)

479集 和服部平次在一起的三天(遠影)

515集 怪盜基德瞬間移動(自身)

537集 怪盜基德VS最強金庫(前篇)

538集 怪盜基德VS最強金庫(後篇)

570集 怪盜基德誕生的秘密(魔術快鬥TV第一集)

571集 妖怪倉庫中的奪寶戰鬥(前篇)

585集 永恆的櫻花之戀 (基德的預告)

586集 消失在黑暗中的麒麟之角

587集 基德VS四神偵探團

626集 怪盜基德忙碌的約會(魔術快鬥TV第二集)

627集 柯南基德的龍馬寶物攻防戰(前篇)

628集 柯南基德的龍馬寶物攻防戰(後篇)

672集 華麗的對手們

673集 緋紅之淚

二人同時在劇場版出場——

1、《世紀末的魔術師》

劇情簡介：羅曼諾夫王朝的皇室秘寶－回憶彩蛋，將在大阪鈴木財團美術館內展出的同時，怪盜基德寄出“犯案預告信”準備奪取這無價的皇家藝術之寶，於是鈴木會長要求小五郎協助警方偵查，以防彩蛋被竊取。柯南一行人來到大阪，遇到服部平次，便一同偵查此案。

在美術館遇到了蘇聯大使館的書記、珠寶美術商、羅馬王朝研究家、職業攝影師等人。看完彩蛋，大家便解讀預告信線索，不料將時間、地點都解讀錯誤。而基德竊聽到彩蛋被轉移了。在疏於防備的情況下，基德成功地找到了回憶彩蛋。

2、《銀翼的魔術師》

劇情簡介：演員牧樹裡所擁有的珠寶“命運的寶石”被鎖定成為目標，預告函的署名是怪盜基德。但是，預告函為什麼是送給工藤新一，基德會再次在柯南面前現身嗎，慘劇的真相到底是什麼，26個文字、滑道、怪盜基德，這一次的謎題是什麼，關鍵又會是什麼，某天，毛利偵探事務所接到了知名舞臺劇女演員牧樹裡的委託。

委託內容是牧樹裡收到怪盜基德預告信，信中指出怪盜基德將在舞臺上奪取牧樹裡佩帶的藍寶石戒指，“命運的寶石”。於是毛利小五郎接受保護寶石的工作，依據毛利小五郎的推理，基德將在演出的最後一天前來盜取這顆無價的寶石。

3、《偵探們的鎮魂歌》

劇情簡介：一天毛利小五郎收到一張請帖，裡面是謎樣男子的委託，需要前往橫濱的一個遊樂場。小五郎和柯南一行人快樂地到達歡樂的遊樂場，還帶上了可以出入無阻代表VIP的手錶，不料正中那名神秘男子的圈套。所有帶上手錶的人不得離開遊樂場，否則便會發生爆炸。

從現在開始到晚上十點，柯南和小五郎如果不能解開謎題，蘭和少年偵探團也會隨著遊樂園粉身碎骨。其他偵探們與柯南一同挑戰謎題，當所有人同時努力調查敵人的真面目時，危機不時展露眼前，時間一分一秒地逼近，敵人同時無賴地設下最後一道陷阱。然而更意想不到的是，那名男子居然直接稱呼柯南為工藤新一。