遠古的生物中沒有蛇。

蛇類並不是突然就失去了又功能的四肢，化石記錄顯示，最早沒有腳的蛇是巴塔哥尼亞恐蛇，大約出現在8500萬年前的白堊紀晚期，當時正是恐龍稱霸世界的時期。考古人員從巴塔哥尼亞高原的紅色砂岩裡發現了恐蛇化石，這種蛇的長度大約是成年人的身高，近乎完整的骨骼顯示它沒有腳。

不過其它同時期的蛇類都有四肢，且大部分生活在海洋之中。科學家們在今天的耶路撒冷附近發現了來自海洋沉積物的化石中發現了有足蛇類。哈氏蛇就是其中的一種。保有幾乎完整的後肢，由股骨、脛骨和足骨組成，但這些後肢的功能尚未知曉。

總體來說，這些化石顯示著蛇類的進化在白堊紀晚期如火如荼的進行著。長而彎曲的身體和極度縮小的四肢形態基本上在這個時期已經確定。

美國的研究人員發現，蛇類四肢消失跟一段關鍵的基因有關。研究人員把一段蛇類的基因接到小白鼠的基因中，結果產生的小白鼠身型正常，但四肢短小。

實驗中蛇樣小白鼠所含的蛇類基因包含一個DNA段落，稱之為ZRS調控基因。ZRS對小白鼠的後肢形成非常重要，只要這一基因發生單一的突變，就會造成身體異常。在爬行動物中這段基因尤為重要，在進化過程中通常都會維持不變，但在蛇類身上卻發生了高度的變異。

在一些比較原始的蛇類身上，比如蟒，都還保留了一個ZRS基因序列，因此在這些蛇的下肢後端都還保留了後肢的痕跡。進化程度較深的蛇類則完全沒有後肢骨保留下來。