二週目在選擇跳過動畫之後回到了家裡。
下樓，爸爸給了船票。
爸爸走後，米可利打來電話說要我們去找其他冠軍的秘密基地。
然後是看電視選擇水都的顏色，建議選擇不喜歡的那個。
出門後小田卷博士帶著來到研究所，升級全國圖鑑。
去水靜市找米可利，就在一週目過不去的那個Wraith摩天樓門口(水靜市地圖)。
首先來到冬雪鎮，化石迷的家裡可以拿到第二塊化石(冬雪鎮地圖)。
同樣是拿到得文公司二樓復活。
冬雪鎮向左穿過流星瀑布，這裡的洞口內找到小赤和小綠，可以對話挑戰(流星瀑布附近114號路地圖)。
小赤精靈：Lv.62妙蛙花 Lv.62噴火龍 Lv.62水箭龜 Lv.62乘龍 Lv.63卡比獸 Lv.66皮卡丘。
小綠在門口那裡，差點漏掉，對話挑戰。
飛到茵鬱市，在這裡衝浪向下走，找到希羅娜的秘密基地(119號路地圖)。
與希羅娜對話可以挑戰她。
希羅娜精靈：Lv.62冰精靈 Lv.62假面薔薇 Lv.62波克基斯 Lv.62鬼盆栽 Lv.63路卡利歐 Lv.64烈咬陸鯊
茵鬱市左邊的天氣研究所，到二樓與研究員對話得知某處降雨(小夜為127號道路)。
飛到綠嶺市向下衝浪沿著右邊岩石走，這裡潛水下去。
在有光的地方上浮，進入洞口。
盡頭可捕捉Lv.70海皇牙。
再次回到天氣研究所與研究員對話，得知某處天氣乾燥。
飛到冬雪鎮，向左走，這裡多了處洞口。
洞穴深處捕捉Lv.70古拉頓。
茵鬱市向右下走，這個洞裡找到渡(120號路地圖)。
渡精靈：Lv.62刺龍王 Lv.62沙漠蜻蜓 Lv.62三頭龍 Lv.62雙斧戰龍 Lv.63血翼飛龍 Lv.64快龍
冬雪鎮向右走，衝上斜坡，這裡找到阿戴克和愛麗絲(111號路地圖)。
阿戴克精靈：Lv.62噬魂吊燈 Lv.62怪力 Lv.62狡猾天狗 Lv.62胡地 Lv.63戰羽鷹 Lv.64焚翼蛾
5、艾莉絲在右下角
艾莉絲精靈：Lv.62沙漠蜻蜓 Lv.62三頭龍 Lv.62七夕青鳥 Lv.62血翼飛龍 Lv.63快龍 Lv.64雙斧戰龍
隨便提下，流星瀑布的大吾在這個多出來的洞內，可以去挑戰(當然不去也沒什麼關係)。
大吾精靈：Lv.61盔甲鳥 Lv.62青銅鐘 Lv.62班吉拉 Lv.62搖籃百合 Lv.62太古盔甲 Lv.64巨金怪
小光在冠軍之路的出口處，跟4.5版本一樣，可以去挑戰(冠軍之路地圖)。
小光精靈：Lv.54七夕青鳥 Lv.54火爆獸 Lv.54巨龍花 Lv.54大力鱷 Lv.55沙奈朵
回去找米可利對話，這是接到了有挑戰者來的電話(水靜市Wraith摩天樓門口)。
腦海中響起了小赤等人的對話，回神後繼續劇情。
飛到精靈聯盟接受挑戰吧，與守門的兩人對話。
挑戰者竟然是N，對話後進入戰鬥。
N精靈：Lv.66雪妖女 Lv.66鋼鑽鼴鼠 Lv.66噬魂吊燈 Lv.66自爆磁怪 Lv.67索羅亞克 Lv.68三頭龍
勝利後主角辭去了冠軍的職位。
然後……然後主角就醒了。
漫長的回憶終於結束，現在位於阿克羅馬的實驗室內。
然後是一段很長的劇情對話，要去尋找小遙小光，詢問有關三日月之羽的事情。
在門口的博士給了點小遙的線索。
二週目在選擇跳過動畫之後回到了家裡。
下樓，爸爸給了船票。
爸爸走後，米可利打來電話說要我們去找其他冠軍的秘密基地。
然後是看電視選擇水都的顏色，建議選擇不喜歡的那個。
出門後小田卷博士帶著來到研究所，升級全國圖鑑。
去水靜市找米可利，就在一週目過不去的那個Wraith摩天樓門口(水靜市地圖)。
首先來到冬雪鎮，化石迷的家裡可以拿到第二塊化石(冬雪鎮地圖)。
同樣是拿到得文公司二樓復活。
冬雪鎮向左穿過流星瀑布，這裡的洞口內找到小赤和小綠，可以對話挑戰(流星瀑布附近114號路地圖)。
小赤精靈：Lv.62妙蛙花 Lv.62噴火龍 Lv.62水箭龜 Lv.62乘龍 Lv.63卡比獸 Lv.66皮卡丘。
小綠在門口那裡，差點漏掉，對話挑戰。
飛到茵鬱市，在這裡衝浪向下走，找到希羅娜的秘密基地(119號路地圖)。
與希羅娜對話可以挑戰她。
希羅娜精靈：Lv.62冰精靈 Lv.62假面薔薇 Lv.62波克基斯 Lv.62鬼盆栽 Lv.63路卡利歐 Lv.64烈咬陸鯊
茵鬱市左邊的天氣研究所，到二樓與研究員對話得知某處降雨(小夜為127號道路)。
飛到綠嶺市向下衝浪沿著右邊岩石走，這裡潛水下去。
在有光的地方上浮，進入洞口。
盡頭可捕捉Lv.70海皇牙。
再次回到天氣研究所與研究員對話，得知某處天氣乾燥。
飛到冬雪鎮，向左走，這裡多了處洞口。
洞穴深處捕捉Lv.70古拉頓。
茵鬱市向右下走，這個洞裡找到渡(120號路地圖)。
渡精靈：Lv.62刺龍王 Lv.62沙漠蜻蜓 Lv.62三頭龍 Lv.62雙斧戰龍 Lv.63血翼飛龍 Lv.64快龍
冬雪鎮向右走，衝上斜坡，這裡找到阿戴克和愛麗絲(111號路地圖)。
阿戴克精靈：Lv.62噬魂吊燈 Lv.62怪力 Lv.62狡猾天狗 Lv.62胡地 Lv.63戰羽鷹 Lv.64焚翼蛾
5、艾莉絲在右下角
艾莉絲精靈：Lv.62沙漠蜻蜓 Lv.62三頭龍 Lv.62七夕青鳥 Lv.62血翼飛龍 Lv.63快龍 Lv.64雙斧戰龍
隨便提下，流星瀑布的大吾在這個多出來的洞內，可以去挑戰(當然不去也沒什麼關係)。
大吾精靈：Lv.61盔甲鳥 Lv.62青銅鐘 Lv.62班吉拉 Lv.62搖籃百合 Lv.62太古盔甲 Lv.64巨金怪
小光在冠軍之路的出口處，跟4.5版本一樣，可以去挑戰(冠軍之路地圖)。
小光精靈：Lv.54七夕青鳥 Lv.54火爆獸 Lv.54巨龍花 Lv.54大力鱷 Lv.55沙奈朵
回去找米可利對話，這是接到了有挑戰者來的電話(水靜市Wraith摩天樓門口)。
腦海中響起了小赤等人的對話，回神後繼續劇情。
飛到精靈聯盟接受挑戰吧，與守門的兩人對話。
挑戰者竟然是N，對話後進入戰鬥。
N精靈：Lv.66雪妖女 Lv.66鋼鑽鼴鼠 Lv.66噬魂吊燈 Lv.66自爆磁怪 Lv.67索羅亞克 Lv.68三頭龍
勝利後主角辭去了冠軍的職位。
然後……然後主角就醒了。
漫長的回憶終於結束，現在位於阿克羅馬的實驗室內。
然後是一段很長的劇情對話，要去尋找小遙小光，詢問有關三日月之羽的事情。
在門口的博士給了點小遙的線索。