HIV基因組兩條正股RNA鏈在5’端透過部分鹼基互補配對而成雙聚體。病毒基因全長約9.8kb，含有3個結構基因（gag、pol、env）、2個調節基因（tat（反式啟用因子）、rev（毒粒蛋白表達調節子）和4個輔助基因，（ nef（負調控因子）、vpr（病毒r蛋白）、vpu（病毒u蛋白）和vif（毒粒感染性因子）。gag基因編碼HIV-1的病毒核心蛋白包括p17、p24、p15， p15則進一步裂解成與病毒RNA結合的核殼蛋白p9和p7。HIV-1的病毒核心蛋白具有較好的免疫原性，是HIV最保守的蛋白之一。env基因編碼病毒包膜蛋白， gp160是HIV包膜糖蛋白前體。該前體蛋白在蛋白酶的作用下被切割成外膜蛋白gp120和跨膜蛋白gp41。HIV的外膜蛋白GP120和跨膜蛋白GP41以非共價作用力結合。Pol基因編碼HIV病毒複製的酶類，主要有3種，逆轉錄酶、蛋白酶和整合酶。逆轉錄酶（RT）又稱依賴RNA的DNA多聚酶，具有多聚酶和核酸內切酶（RNase H）的功能；有兩種形式：p51和p66，它們的氨基端序列相同但羥基不同，終止的區域不一樣。蛋白酶具有切斷各種結構蛋白質前驅體蛋白的作用。整合酶能夠把病毒整合到宿主細胞染色體中。調節基因tat和rev編碼的蛋白HIV複製均具有反式啟用作用。病毒感染細胞後最先合成的病毒蛋白是具有調節功能的Tat蛋白，感染細胞後病毒Tat蛋白的合成早於Gag蛋白。rev基因編碼的Rev蛋白主要位於細胞核及核仁內，是一個重要的調節HIV基因複製的反式啟用因子，對HIV調節蛋白具有負調控作用，對病毒顆粒蛋白具有正調控作用。其主要功能是促進HIV的基因表達由早期（轉錄調節蛋白mRNA）向晚期（轉錄HIV結構蛋白mRNA）的轉化，並促進晚期轉錄的進行。vif基因編碼一個23 kd的病毒顆粒感染性因子（virion infectivity factor），即vif蛋白。這種蛋白質可以抑制宿主的免疫攻擊。Vpr蛋白：Vpr基因編碼分子量大約為14 kD的蛋白。Vpr在HIV 1、HIV 2中高度保守，與受感染宿主細胞內多種蛋白相互作用，對病毒複製、宿主細胞週期及分化表現出一系列的生物學功能。Vpr蛋白在HIV引起的細胞凋亡中發揮著重要作用。Nef蛋白是一個27 kd的磷酸化蛋白，存在於靈長類慢病毒中。Nef蛋白在病毒感染的早期階段產生並持續至晚期階段，在受感染細胞的漿膜及骨架上彌散分佈。是成熟病毒顆粒的整合蛋白，與細胞的膜結構相結合。vpu基因：vpu基因是HIV-1特有的， HIV-2無此基因。HIV-2有一功能不明vpx基因。該基因編碼一個81個氨基酸的磷酸化蛋白，主要定位於細胞膜。
HIV基因組兩條正股RNA鏈在5’端透過部分鹼基互補配對而成雙聚體。病毒基因全長約9.8kb，含有3個結構基因（gag、pol、env）、2個調節基因（tat（反式啟用因子）、rev（毒粒蛋白表達調節子）和4個輔助基因，（ nef（負調控因子）、vpr（病毒r蛋白）、vpu（病毒u蛋白）和vif（毒粒感染性因子）。gag基因編碼HIV-1的病毒核心蛋白包括p17、p24、p15， p15則進一步裂解成與病毒RNA結合的核殼蛋白p9和p7。HIV-1的病毒核心蛋白具有較好的免疫原性，是HIV最保守的蛋白之一。env基因編碼病毒包膜蛋白， gp160是HIV包膜糖蛋白前體。該前體蛋白在蛋白酶的作用下被切割成外膜蛋白gp120和跨膜蛋白gp41。HIV的外膜蛋白GP120和跨膜蛋白GP41以非共價作用力結合。Pol基因編碼HIV病毒複製的酶類，主要有3種，逆轉錄酶、蛋白酶和整合酶。逆轉錄酶（RT）又稱依賴RNA的DNA多聚酶，具有多聚酶和核酸內切酶（RNase H）的功能；有兩種形式：p51和p66，它們的氨基端序列相同但羥基不同，終止的區域不一樣。蛋白酶具有切斷各種結構蛋白質前驅體蛋白的作用。整合酶能夠把病毒整合到宿主細胞染色體中。調節基因tat和rev編碼的蛋白HIV複製均具有反式啟用作用。病毒感染細胞後最先合成的病毒蛋白是具有調節功能的Tat蛋白，感染細胞後病毒Tat蛋白的合成早於Gag蛋白。rev基因編碼的Rev蛋白主要位於細胞核及核仁內，是一個重要的調節HIV基因複製的反式啟用因子，對HIV調節蛋白具有負調控作用，對病毒顆粒蛋白具有正調控作用。其主要功能是促進HIV的基因表達由早期（轉錄調節蛋白mRNA）向晚期（轉錄HIV結構蛋白mRNA）的轉化，並促進晚期轉錄的進行。vif基因編碼一個23 kd的病毒顆粒感染性因子（virion infectivity factor），即vif蛋白。這種蛋白質可以抑制宿主的免疫攻擊。Vpr蛋白：Vpr基因編碼分子量大約為14 kD的蛋白。Vpr在HIV 1、HIV 2中高度保守，與受感染宿主細胞內多種蛋白相互作用，對病毒複製、宿主細胞週期及分化表現出一系列的生物學功能。Vpr蛋白在HIV引起的細胞凋亡中發揮著重要作用。Nef蛋白是一個27 kd的磷酸化蛋白，存在於靈長類慢病毒中。Nef蛋白在病毒感染的早期階段產生並持續至晚期階段，在受感染細胞的漿膜及骨架上彌散分佈。是成熟病毒顆粒的整合蛋白，與細胞的膜結構相結合。vpu基因：vpu基因是HIV-1特有的， HIV-2無此基因。HIV-2有一功能不明vpx基因。該基因編碼一個81個氨基酸的磷酸化蛋白，主要定位於細胞膜。