電磁干擾會產生很多不良後果，包括對電子系統裝置的危害、對武器裝備的危害、電磁場對人體的危害以及增加了發、輸、供和用電裝置的附加損耗，使裝置過熱，降低裝置的效率和利用率。

1. 對電子系統、裝置的危害 強烈的電磁干擾可能使靈敏的電子裝置因過載而損壞。一般矽電晶體發射極與基極間的反向擊穿電壓為2~5V，很易損壞，而且其反向擊穿電壓隨溫度升高而下降。電磁干擾引起的尖峰電壓能使發射結和集電結中某點雜質濃度增加，導致電晶體擊穿或內部短路。在強射頻電磁場下工作的電晶體會吸收足夠的能量，使結溫超過允許溫升而導致損壞。

2. 對武器裝備的危害 現代的無線電發射機和雷達能產生很強的電磁輻射場。這種輻射場能引起裝在武器裝備系統中的靈敏電子引爆裝置失控而過早啟動；對制導導彈會導致偏離飛行彈道和增大距離誤差；對飛機而言，則會引起作業系統失穩、航向不準、高度顯示出錯、雷達天線跟蹤位置偏移等。

3. 電磁場對人體的危害 電磁輻射一旦進入人體細胞組織就要引起生物效應，即區域性熱效應和非熱效應。非熱效應機理較複雜，有待於進一步探討。熱效應取決於輻射峰值功率，同時還與頻率有關。在1~3GHz範圍內熱效應最為嚴重，生物效應吸收的能量可達入射能量的20%~100%。而在其它頻率範圍內，生物效應吸收的能量為入射能量的40%左右。不同頻率的電磁輻射對人體的危害程度並不一樣。對低於1GHz的輻射，面板組織感覺遲鈍，能量滲透性強，易產生深部組織受熱而損傷。對1~3GHz的輻射，人體表面組織和深部組織都會吸收能量，如眼球和內組織極易損傷。電磁場的熱效應可使人體溫度升高，人體超過正常體溫時，新陳代謝和氧氣的需要量很快增加，例如溫度升高。

4.在電磁環境中，電磁干擾造成的危害是各種各樣的，可能從最簡單的令人煩惱的現象直到嚴重的災難。在美國發生的兩個例子，可以說明電磁干擾的嚴重性。曾經有一個鋼鐵廠，由於起吊溶融鋼水包的天車的控制電路受到電磁干擾，以致使一包鋼水被完全失控地傾倒在車間的地面上，並且造成了人員傷亡。另一個例子是，一個帶有由生物電控制假肢的殘疾人，駕駛一輛摩托車，途經高壓送電線下方，由於假肢控制電路受到干擾而摩托車失控，導致了不應發生的災難。當然，以上兩例是比較突出的。下面還可以舉出一些電磁干擾可能造成的危害：a） 擾電視的收看、廣播收音機的收聽。在中國出現過由於塑膠加工高頻熱合機干擾收看電視而引起居民與工廠的糾紛。b）在數子系統與資料傳輸過程中資料的掉失。c） 在裝置、分系統或系統級正常工作的破壞。d）醫療電子裝置（例如：醫療監護議、心電起搏器等）的工作失常。e） 自動化微處理器控制系統（例如：汽車的剎車系統、防撞氣囊保護系統）的工作失控。f） 導爆裝置的工作失常。g） 起爆裝置的無意爆炸。h） 工業過程控制功能（例如：石油或化工）的失效。除以上所舉的例子之外，強電磁場還會對生物體造成影響，一般認為其效應可以分為熱效應與非熱效應。對於熱效應，隨著射頻入射功率密度的逐漸增加，可出現血流加快、血液分佈較少部位的區域性體溫升高、酶活性降低、蛋白質變性、心率改變甚至體溫調節能力受抑制、區域性組織受損直至死亡等等。而對於非熱效應。其影響就廣泛得多。包括對中樞神經系統（如：對腦組織的代謝、腦組織的生物電等），對血液與免疫系統，對心血管系統、對生殖系統與胚胎髮育的影響等等。這些影響不僅僅反應在個體級、器官級而且影響到細胞級。由上可見，電磁環境的惡化，會導致多方面的後果。開拓電磁相容研究，加強電磁相容管理，降低電磁騷擾，避免電磁干擾，是當務之急。