首先在TV版裡我們可以看出來安室透懷疑柯南，認為他並不是普通的小孩子，對他有很大的疑心。

一、初次懷疑柯南TV版758集【推理的波本】，懷疑柯南與沉睡的毛利小五郎的關係

二、第二次懷疑是在TV版787集【朱蒂的回憶與賞花的陷阱】，進一步懷疑柯南身份，並說“那個男的很可怕”

三、第三次懷疑就是在TV版832—836集【緋色】系列中，懷疑柯南與工藤優作的關係（ps：不過在這一集裡面我們的柯南推測出了安室透的真實身份(=・ω・=)）

其次，在漫畫版1008中，安室收到了朗姆發來的“收集有關工藤新一的情報”的命令。我覺得這就可能表示安室透是下一位發現柯南真實身份的人。

最後，為什麼我說安室透知道柯南身份，只是沒有說出口，是在劇場版22【零的執行人】中得出來的。

安室透之所以把毛利小五郎抓了起來，就是為了藉助柯南的力量來破案。而且他知道，柯南最在意的是小蘭。安室透對柯南說：“愛情的力量還真是偉大啊。”安室透作為毛利小五郎的弟子，對毛利家瞭解的很清楚，也瞭解小蘭和工藤新一的關係。所以他這麼說，也證明了自己知道柯南新一。

對於上個答案的那一句“我認識兩個可怕的男人，其中有一個還只是個孩子。”這個孩子確實是指的柯南。但是並不能證明安室透真的以為柯南只是個小學生，因為對於年紀接近30的安室透來說，17歲的工藤新一確實也是個孩子。

所以，綜上所述我認為安室透知道了柯南就是新一，只是沒有說出口。

當然僅代表個人觀點(๑•̀ㅁ•́ฅ)

是的，你可以看看：

705 密室中的柯南

這一集剛開始，柯南說了：嘛，這次的收穫就是明白了那個在阿波羅打工的服務員就是波本，聽說他最近因身體不適，不來阿波羅上班了，想必就是因為這次的事件，他如果還回來···············

由此得出，柯南是列車時間過後知道的