蛋白質是由氨基酸組成的，可以由幾十個甚至上千個氨基酸來組成一個蛋白質分子，生物界參與蛋白質合成的有20種氨基酸，基因只有四個核苷酸，蛋白質的複雜度比基因高得多。因為在蛋白質的序列中，這20種氨基酸可以隨意的按基因序列，基因的遺傳資訊加入到氨基酸序列中去，所以它能給出的複雜度是非常高的。每種氨基酸是透過碳鍵連線成線性分子，相當於前面談的，核酸是由磷酸二酯鍵連成線性分子。蛋白質形成的功能可以非常多，比如說可以作為生物催化劑，叫做酶，生物體中每一種反應都有一種酶來參與，幫助催化劑進行反應的。酶作為催化劑本身就是蛋白質分子。我們設想在代謝過程中，比如個體在消化過程中，某種酶發生問題，消化過程就會發生障礙，就會導致疾病。酶作為催化劑可以很好地調節生物體的生物功能。它靠的是調節生物體內反應的速度。如果消化不良，可能是蛋白水解酶，還有澱粉酶等這些出現問題，就會導致那些情況。我小時候大人經常給我吃多酶片，多酶片就是含有許多蛋白酶、脂肪酶、澱粉酶的片劑，給小孩吃是為了幫助消化。酶是蛋白質，生物催化劑，可以調節生理代謝過程。還有比如一些轉運的蛋白，身體內有許多物質需要運輸，比如吸進去的氧氣，在血液中需血紅蛋白的幫助運送，這是血紅蛋白的功能。還有調節功能，比如說激素，象胰島素，大家知道可以治糖尿病，生物體血糖升高時刺激胰腺分泌胰島素，它透過跟生物細胞（靶細胞）的作用，可以啟用這細胞中有關參與血糖（葡萄糖）降解、氧化的一系列酶系，也就是增加這些酶的活性，加快它的速度，把血液中的高的血糖（即葡萄糖）的濃度降下來，把這些葡萄糖變成人體活動需要的能量。人體的能量分子主要是ATP這樣的分子。在商業性競賽中有ATP拉力賽之類。ATP是生物體中的一種能量物質，這能量可以由食物轉化得到。蛋白質的防禦功能，比如抗體，它是一種蛋白質分子，當外來抗原入侵我們的身體時，免疫系統產生出抗體消滅外來抗原分子。可見，蛋白質的功能是非常複雜的。這裡大家可以看到的是氨基酸的結構，R可以有20種，生物體內蛋白質裡氨基酸可以有20種。氨基可以與前一個氨基酸的羧基形成一個碳鍵。這個羧基可以跟後面一個氨基酸的氨基形成一個碳鍵，這樣就可以形成鏈狀分子。比如這裡，這是賴氨酸，它有許多氨基酸，每個之間透過碳鍵來

酶是具有生物催化活性的蛋白質，甚至是特殊的RNA。所以在今天的生物學中，蛋白質不一定是酶，酶也不一定是蛋白質。那麼怎麼鑑別你分離純化的蛋白質是一種酶呢？

首先，我們需要把分離純化的蛋白質進行蛋白質測序，獲得該蛋白質的氨基酸序列。然後，透過生物資訊學網站分析該蛋白的性質和結構，從而預測功能，看是否具有酶的活性結合域或變構域，是否具有輔因子結合位點。

先用NCBI中的BLAST比對分析蛋白序列的相似性，看是否有相似度較高的已知酶蛋白序列，再結合Motif資料庫中的PROSITE分析，分析樣品蛋白是否具有酶活性位點、輔因子結合位點、變構域、二硫鍵等結構，該庫可以輔助分析，樣品蛋白是否屬於已知的某種酶家族。此外，還可以結合ExPASy中的SWISS-PROT進行蛋白晶體結構建模分析，能夠更加直觀地看出樣品蛋白的整體結構及功能域，後期再結合酶活反應實驗加以驗證。

如果在NCBI資料庫種比對不到任何高相似度的已知酶蛋白序列，也不能完全排除樣品蛋白不是酶，但此時，我們就需要先分析該樣品蛋白所在細胞內的各種化合物，常識用這些化合物作為底物與樣品蛋白進行酶活反應，看是否有新化合物的生成，當然，有的還需要新增輔助因子，無論是試細胞內的這些化合物，還是摸索輔助因子，工作量都是非常大的。如果透過酶活反應和輔因子實驗，發現有新化合物的產生，那麼它就屬於酶類，如果，既比對不到，嘗試用細胞內化合物作為底物，結合輔因子，進行酶活實驗後也無新產物的生成，那麼它很可能就不屬於酶類。