1、starbase
一個高通量實驗資料clip-seq（或稱為hits-clip,par-clip,iclip）和mrna降解組測序資料支援的microrna靶標資料庫,包含了mirna-mrna，mirna-lncrna，mirna-circrna，mirna-cerna和rna-protein等的調控關係。整合和構建多個流行的靶標預測軟體的交集和調控關係。最新版本釋出時間：2013年11月。
2、mirbase
眾所周知的microrna基因註釋資料庫。目前mirbase只提供了microrna的靶標的預測軟體的連結（如：pictar）。最新版本釋出時間：2010年9月。
3、chipbase
整合clip-seq和chip-seq的資料探討microrna的轉錄和轉錄後調控，構建轉錄因子->microrna->靶標的調控網路。最新版本釋出時間：2012年11月。
4、tarbase
一個收集已被實驗驗證的microrna靶標資料庫。最新版本釋出時間：2009年1月。
5、mirecords
一個整合的microrna靶標資料庫。整合多個靶標預測軟體的調控關係。最新版本釋出時間：2010年11月。
6、targetscan
基於靶mrna序列的進化保守等特徵搜尋動物的microrna靶基因。是預測microrna靶標假陽性率較低的軟體。而且是microrna領域大牛bartel實驗室開發的。最新版本釋出時間：2009年4月。
7、pictar
基於microrna或microrna靶標聯合作用等特徵開發的搜尋動物的microrna靶基因。假陽性率也較低。是microrna領域大牛rajewsky實驗室開發的。最新版本釋出時間：2007年3月。
8、pita
基於靶位點的可接性和自由能預測microrna的靶標。是著名的生物資訊學家segal實驗室開發的。最新版本釋出時間：2008年8月。
9、rna22
基於序列特徵預測microrna的結合位點。是幾個流行的microrna靶標預測軟體的其中一個。ibm公司的研究團隊開發的。最新版本釋出時間：2007年。
10、miranda和microrna.org
是著名的memorialsloan-kettering癌症研究中心的研究人員開發的軟體和資料庫。miranda的最新版本又叫mirsvr。最新版本釋出時間：2010年8月。
11、microcosm
embl-ebi的enright實驗室開發的microrna靶標資料庫。最新版本釋出時間：2010年8月。
12、mirtarbase
整合實驗證實的microrna靶標的資料庫。最新版本釋出時間：2010年10月。
13、mirgatorv2.0
整合microrna表達、靶標和疾病相關資訊的資料庫。最新版本釋出時間：2010年11月。
14、mirnamap
動物的microrna基因及其靶標的資料庫。最新版本釋出時間：2008年1月。
15、mirdb
動物microrna靶標預測和功能註釋資料庫。最新版本釋出時間：2010年8月。
16、rnahybrid
一個基於mirna-target配對自由能預測microrna的靶標。最新版本釋出時間：2011年6月。
17、mirgen
microrna基因和microrna靶標資料庫。最新版本釋出時間：2007年1月。
1、starbase
一個高通量實驗資料clip-seq（或稱為hits-clip,par-clip,iclip）和mrna降解組測序資料支援的microrna靶標資料庫,包含了mirna-mrna，mirna-lncrna，mirna-circrna，mirna-cerna和rna-protein等的調控關係。整合和構建多個流行的靶標預測軟體的交集和調控關係。最新版本釋出時間：2013年11月。
2、mirbase
眾所周知的microrna基因註釋資料庫。目前mirbase只提供了microrna的靶標的預測軟體的連結（如：pictar）。最新版本釋出時間：2010年9月。
3、chipbase
整合clip-seq和chip-seq的資料探討microrna的轉錄和轉錄後調控，構建轉錄因子->microrna->靶標的調控網路。最新版本釋出時間：2012年11月。
4、tarbase
一個收集已被實驗驗證的microrna靶標資料庫。最新版本釋出時間：2009年1月。
5、mirecords
一個整合的microrna靶標資料庫。整合多個靶標預測軟體的調控關係。最新版本釋出時間：2010年11月。
6、targetscan
基於靶mrna序列的進化保守等特徵搜尋動物的microrna靶基因。是預測microrna靶標假陽性率較低的軟體。而且是microrna領域大牛bartel實驗室開發的。最新版本釋出時間：2009年4月。
7、pictar
基於microrna或microrna靶標聯合作用等特徵開發的搜尋動物的microrna靶基因。假陽性率也較低。是microrna領域大牛rajewsky實驗室開發的。最新版本釋出時間：2007年3月。
8、pita
基於靶位點的可接性和自由能預測microrna的靶標。是著名的生物資訊學家segal實驗室開發的。最新版本釋出時間：2008年8月。
9、rna22
基於序列特徵預測microrna的結合位點。是幾個流行的microrna靶標預測軟體的其中一個。ibm公司的研究團隊開發的。最新版本釋出時間：2007年。
10、miranda和microrna.org
是著名的memorialsloan-kettering癌症研究中心的研究人員開發的軟體和資料庫。miranda的最新版本又叫mirsvr。最新版本釋出時間：2010年8月。
11、microcosm
embl-ebi的enright實驗室開發的microrna靶標資料庫。最新版本釋出時間：2010年8月。
12、mirtarbase
整合實驗證實的microrna靶標的資料庫。最新版本釋出時間：2010年10月。
13、mirgatorv2.0
整合microrna表達、靶標和疾病相關資訊的資料庫。最新版本釋出時間：2010年11月。
14、mirnamap
動物的microrna基因及其靶標的資料庫。最新版本釋出時間：2008年1月。
15、mirdb
動物microrna靶標預測和功能註釋資料庫。最新版本釋出時間：2010年8月。
16、rnahybrid
一個基於mirna-target配對自由能預測microrna的靶標。最新版本釋出時間：2011年6月。
17、mirgen
microrna基因和microrna靶標資料庫。最新版本釋出時間：2007年1月。