食品汙染造成的危害主要以下三方面： 1、生物性； 生物性汙染是指有害的病毒、細菌、真菌以及寄生蟲汙染食品。屬於微生物的細菌、真菌是人的肉眼看不見的。雞蛋變臭，蔬菜爛掉，主要是細菌、真菌在起作用。 細菌有許多種類，有些細菌如變形桿菌、黃色桿菌、腸桿菌可以直接汙染動物性食品，也能透過工具、容器、洗滌水等途徑汙染動物性食品，使食品腐敗變質。真菌的種類很多，有5萬多種。 汙染食品的寄生蟲主要有蛔蟲、絛蟲、旋毛蟲等，這些寄生蟲一般都是透過病人、病畜的糞便汙染水源、土壤，然後再使魚類、水果、蔬菜受到汙染，人吃了以後會引起寄生蟲病。 黴菌及其產生的毒素對食品的汙染多見於南方多雨地區，毒素的毒性也不同。黴菌引起的食品變質和黴菌產生的毒素引起人類的中毒。黴菌汙染食品可使食品的食用價值降低，甚至完全不能食用，造成巨大的經濟損失。 2、化學性； 化學性汙染是由有害有毒的化學物質汙染食品引起的。各種農藥是造成食品化學性汙染的一大來源，還有含鉛、鎘、鉻、汞、硝基化合物等有害物質的工業廢水、廢氣及廢渣；食用色素、防腐劑、髮色劑、甜味劑、固化劑、抗氧化劑食品新增劑； 作食品包裝用的塑膠、紙張、金屬容器等。如用廢報紙、舊雜誌包裝食品，這些紙張中含有的多氯聯苯就會透過食物進入人體，從而引起病症。食品在加工過程中，加入一些食用色素可保持鮮豔色澤。但是有些人工合成色素具有毒性。 在農田、果園中大量使用化學農藥，是造成糧食、蔬菜、果品化學性汙染的主要原因。這些汙染物還可以隨著雨水進入水體，然後進入魚蝦體內，從而對人體健康產生不利影響。 3、物理性； 主要來源於複雜的多種非化學性的雜物，雖然有的汙染物可能並不威脅消費者的健康，但是嚴重影響了食品應有的感官性狀和/或營養價值，食品質量得不到保證，主要有： ①來自食品產、儲、運、銷的汙染物，如糧食收割時混入的草籽、液體食品容器池中的雜物、食品運銷過程中的灰塵及蒼蠅等； ②食品的摻假使假，如糧食中摻入的沙石、肉中注入的水、奶粉中摻入大量的糖等； ③食品的放射性汙染，主要來自放射性物質的開採、冶煉、生產、應用及意外事故造成的汙染。 食品的物理性汙染通常指食品生產加工過程中的雜質超過規定的含量，或食品吸附、吸收外來的放射性核素所引起的食品質量安全問題。