藍藻的暴發性繁殖是水體富營養化的直接後果。水體富營養化分為天然富營養化與人為富營養化。目前出現的藍藻暴發主要原因是人為富營養化造成的。

隨著人類對環境資源的開發利用活動日益增加，工業的發展以及城市人口的高度集中，大量含有汙染物質的工業廢水和生活汙水未經適當處理便排入水體，使水體中氨氮、磷以及有機汙染物等耗氧物質濃度的升高，增加了水中的營養物質的負荷量。

藍藻大量死亡發酵發臭形成汙水團，突然侵入貢湖水源地取水口，這是造成自來水水質突變異常的直接原因。專家組經對水源地水質突變進行詳盡的調查分析，一致認為：在今年特定的風向和水力條件下，太湖暴發的大量藍藻聚積於貢湖北岸蘆葦叢及附近水域，因氣溫、氣候等環境因素的變化導致藍藻死亡並沉入水底，在藍藻腐敗分解過程中，大量消耗水體中的溶解氧，導致水體嚴重汙染，發黑發臭，形成較大面積的汙水團（約3平方公里），突然侵入貢湖水源地取水口並造成了水質突變。

此外，無錫太湖湖面處在太湖西北部，整體上是一個呈半封閉狀的湖灣，湖面三面被陸地包圍，水體的流動性較差。由於太湖流域常年以東南風居多，整個太湖水汙染往往隨風漂向無錫水域並集聚不散，導致太湖無錫水域的環境承載壓力不斷加大，水質不斷惡化，成為這次太湖藍藻暴發和水質突發異變的一個地理因素。

解決水域藍藻要從源頭著手，水體富營養化的物質源頭是城市生活汙水，大頭是糞便，雖經化糞池，汙水廠處理，但巨量的氮素，磷素最終都是進入水體。只有將糞便收集，肥料化利用，引入農田，切斷糞便入水才能真正消除藍藻暴發的根源。