日本儒學有多個派系，比如說朱子學派、古學派。

江戶時代的日本儒學派別林立，朱子學是影響最大的一個派別，藤原惺窩和林羅山是日本朱子學的代表人物。雖然藤原惺窩生活的大部分時間都屬於織豐時代，但大多日本學者均把藤原惺窩視作是江戶時代日本朱子學的首創者，除林羅山外，還有諸多朱子學學者出自藤原惺窩門下。藤原惺窩著作付梓時，甚至還得到了後光明天皇親自為其作序的榮耀。而當時朝廷公卿之間也盛行朱子學。

藤原惺窩不僅治學嚴謹，而且博覽群書，熟讀四書五經，更是通曉漢學典故。在他眼裡，讀書要“取其實”，即強調讀書的目的。同時主張治學時要明辨是非，直面過誤而不是私下議論。

至於藤原惺窩的弟子林羅山，也是一位著作頗豐的學者，從幼年開始就在儒學上表現出了相當高的水平。而林羅山的朱子學思想具有非常鮮明的中國儒學思想中的華夷觀念，此外他的思想和藤原惺窩相比較為極端些，十分排斥陸學和佛教，甚至對聖德太子所做的《憲法十七條》也頗多非議，對中國的明朝評價也十分低。在林羅山看來，明朝無論是“德行政事”還是詩詞文賦，還是學術，都不如前代。林羅山的朱子學具有十分強的政治目的性，即刻意去維護德川幕府的統治，因此朱子學也在很大程度上受到幕府的保護及推崇。

古學派雖然沒有在日本江戶時代成為統治階級所提倡的正統思想，但仍然是當時日本儒學派系中的一個大派系，其代表人物有荻生徂徠（古文辭學派）、山鹿素行（古學派）、伊藤仁齋（古義學派）等。

雖然這三者都可劃入“古學派”範疇，但還是存在不少區別的。該派系的先導者，一般認為即是山鹿素行。他思想的最大特點就是看不起漢唐宋明的儒者，認為後來的學者沒有搞清楚問題，因而對漢唐以來的儒學基本持全面否定態度。所以他們應該直接學周公孔子，而不是後來的儒學家。他思想的另一個大特點，就是積極把中國的儒學思想改造成日本的儒學思想，使其為日本服務，或者說他試圖用中國的“華夷”觀念，把日本改造成“中國”“中華”。第三，他僅把伏羲、神農、黃帝、堯、舜、禹、湯、文、武、周公，再加一個孔子可稱作是“聖人”，孔子以後，即使是孟子也不可稱“聖”，至於漢唐以來，那更是還沒有一個比得上孟子的。從這幾點我們能明顯看到山鹿素行的古學思想到底是怎麼一回事了。

伊藤仁齋開創的學派也可以叫“堀河學”，因為他出生於京都堀河。和大部分儒學家一樣，伊藤仁齋最早學的也是朱子學，其年輕時候對朱子學也是非常推崇的。但到了三十多歲時，他的思想逐漸發生了轉變，這不僅是因為他讀了一些陽明學著作，還因為他也閱讀了其他一些批判朱子學的著作。不過其思想轉變由於較為突然，因此學術界仍然他轉變的原因有所爭議。也是36歲那年，他回到京都後，決定開設學堂講解他個人學術思想，這個學堂就取名為“古義”。他對朱子學的疏遠和反省，使得他重新回到了原本的孔孟經典之上，並以孔孟經典原意為武器，開展對宋明理學的批判。

荻生徂徠，名雙松，字茂卿，通稱總右衛門，號徂徠、護園、赤城翁，以號行。日本學者丸山真男為了打破日本近代化由西方引起、日本近代性受西方影響而萌發的通說，較為推崇荻生徂徠，認為荻生徂徠對封建意識形態代表朱子學的批判，是日本近代性的自我發源的證明。不過他的說法是存在不少問題的，需要注意。儘管荻生徂徠排斥宋儒對儒學的解釋，認為其違背古先聖王之道，從而試圖恢復孔孟經典的原意古意，但他對伊藤仁齋的學說同樣持批判態度。而且他在政治經濟上的思想較為保守，是阻礙社會進步發展的。學者渡邊浩更是認為他的思想是反平等、反近代的思想。但荻生徂徠是反對從個人修身方式作為政治運作的基礎，反對這種空談，主張透過學習和考證古文辭的方式來區別哪些是儒學經典的古意和原意。總之，其批判宋儒空談而主張“適用”的思想對日本的儒學思想仍有很大的影響。

日本儒學有多個派系，比如說朱子學派、古學派。

江戶時代的日本儒學派別林立，朱子學是影響最大的一個派別，藤原惺窩和林羅山是日本朱子學的代表人物。雖然藤原惺窩生活的大部分時間都屬於織豐時代，但大多日本學者均把藤原惺窩視作是江戶時代日本朱子學的首創者，除林羅山外，還有諸多朱子學學者出自藤原惺窩門下。藤原惺窩著作付梓時，甚至還得到了後光明天皇親自為其作序的榮耀。而當時朝廷公卿之間也盛行朱子學。

藤原惺窩不僅治學嚴謹，而且博覽群書，熟讀四書五經，更是通曉漢學典故。在他眼裡，讀書要“取其實”，即強調讀書的目的。同時主張治學時要明辨是非，直面過誤而不是私下議論。

至於藤原惺窩的弟子林羅山，也是一位著作頗豐的學者，從幼年開始就在儒學上表現出了相當高的水平。而林羅山的朱子學思想具有非常鮮明的中國儒學思想中的華夷觀念，此外他的思想和藤原惺窩相比較為極端些，十分排斥陸學和佛教，甚至對聖德太子所做的《憲法十七條》也頗多非議，對中國的明朝評價也十分低。在林羅山看來，明朝無論是“德行政事”還是詩詞文賦，還是學術，都不如前代。林羅山的朱子學具有十分強的政治目的性，即刻意去維護德川幕府的統治，因此朱子學也在很大程度上受到幕府的保護及推崇。

古學派雖然沒有在日本江戶時代成為統治階級所提倡的正統思想，但仍然是當時日本儒學派系中的一個大派系，其代表人物有荻生徂徠（古文辭學派）、山鹿素行（古學派）、伊藤仁齋（古義學派）等。

雖然這三者都可劃入“古學派”範疇，但還是存在不少區別的。該派系的先導者，一般認為即是山鹿素行。他思想的最大特點就是看不起漢唐宋明的儒者，認為後來的學者沒有搞清楚問題，因而對漢唐以來的儒學基本持全面否定態度。所以他們應該直接學周公孔子，而不是後來的儒學家。他思想的另一個大特點，就是積極把中國的儒學思想改造成日本的儒學思想，使其為日本服務，或者說他試圖用中國的“華夷”觀念，把日本改造成“中國”“中華”。第三，他僅把伏羲、神農、黃帝、堯、舜、禹、湯、文、武、周公，再加一個孔子可稱作是“聖人”，孔子以後，即使是孟子也不可稱“聖”，至於漢唐以來，那更是還沒有一個比得上孟子的。從這幾點我們能明顯看到山鹿素行的古學思想到底是怎麼一回事了。

伊藤仁齋開創的學派也可以叫“堀河學”，因為他出生於京都堀河。和大部分儒學家一樣，伊藤仁齋最早學的也是朱子學，其年輕時候對朱子學也是非常推崇的。但到了三十多歲時，他的思想逐漸發生了轉變，這不僅是因為他讀了一些陽明學著作，還因為他也閱讀了其他一些批判朱子學的著作。不過其思想轉變由於較為突然，因此學術界仍然他轉變的原因有所爭議。也是36歲那年，他回到京都後，決定開設學堂講解他個人學術思想，這個學堂就取名為“古義”。他對朱子學的疏遠和反省，使得他重新回到了原本的孔孟經典之上，並以孔孟經典原意為武器，開展對宋明理學的批判。

荻生徂徠，名雙松，字茂卿，通稱總右衛門，號徂徠、護園、赤城翁，以號行。日本學者丸山真男為了打破日本近代化由西方引起、日本近代性受西方影響而萌發的通說，較為推崇荻生徂徠，認為荻生徂徠對封建意識形態代表朱子學的批判，是日本近代性的自我發源的證明。不過他的說法是存在不少問題的，需要注意。儘管荻生徂徠排斥宋儒對儒學的解釋，認為其違背古先聖王之道，從而試圖恢復孔孟經典的原意古意，但他對伊藤仁齋的學說同樣持批判態度。而且他在政治經濟上的思想較為保守，是阻礙社會進步發展的。學者渡邊浩更是認為他的思想是反平等、反近代的思想。但荻生徂徠是反對從個人修身方式作為政治運作的基礎，反對這種空談，主張透過學習和考證古文辭的方式來區別哪些是儒學經典的古意和原意。總之，其批判宋儒空談而主張“適用”的思想對日本的儒學思想仍有很大的影響。