很遺憾關於小說的問題我很難回答您，因為我本人幾乎沒看過小說，因此很難回答您的問題！

但是電影《湮滅》確實是很燒腦的電影，畢竟電影裡面涉及到了哲學，物理等很多專業方面的知識！

我看過《三體》，但《湮滅》只看過電影，沒看過小說原著，好在題主問的也是電影，那就試著說一說。

1.二者都是世界級別的科幻鉅著。《湮滅》原著獲得了2014年的星雲獎，《三體》獲得了2015年的雨果獎。

2.二者說的都是外星人入侵地球的事。有趣的是，場景都發生在地球，而外星人都沒有以本來面目出現。

3.對於地球人類的未來，二者都抱持了不樂觀的態度。《湮滅》的結尾暗示外星人已經成功將基因注入地球，而《三體》中太陽系被降維打擊。

說完了相似之處，再來說說不同。

1.風格不同

沒有看原著小說，不知道原文風格如何，但是電影《湮滅》無疑帶著一種驚悚味道。除去從頭至尾的懸疑以及青黑色背景帶來的視覺壓抑，外星生物透過“折射”在禁區內創造出的各種古怪生物就讓人很不舒服，除了各型花卉和複製雙鹿略具美感外，人形花木都讓人心生寒意，更不用說帶鋸齒的鱷魚、發人聲的骷髏熊、人體內蠕動的變異腸以及爆炸人體牆了。

而《三體》除了智子在澳洲維持移民秩序時的冷血行徑外，基本上全書都沒什麼恐怖情節。從整體風格來說，《三體》更像一部渾厚的史詩，側重宏大視角，而《湮滅》透過逼真恐怖的視覺觀感，強迫人們思考生命的其他可能性。

2.思辨方向不同

兩部作品都很優秀，都能引起人們對人類侷限的思考。不過思考的方向有所不同，一個向外，一個向內。

《湮滅》說的是外星生物來到地球，以某個國家公園內的一座燈塔為據點，對周邊生物進行觀察和“折射”，逐步改變周邊環境，並不斷向外輻射擴張的過程。人們從遠處可以觀察到禁區的邊界：一片光華耀眼，但是不知道里面是什麼情況。特別小分隊進入禁區後，雖然發現了真相，但是無法向外傳遞訊息，自身也無法避免被“折射”，被改變，被湮滅的命運。

整部影片，籠罩著濃重的絕望氣氛：當一種來自外部的強大的可以改寫生物特徵的力量來到時，我們有什麼辦法應對？誠然，被折射、被改變的地球生物——包括人類的所有元素還在，可是已被完全重組，改造得面目全非，對原有的生命形態而言，就是湮滅了。

《三體》則更多地引導人們向內反思人性。人性有樂觀、堅強、不服輸的一面，所以人們絞盡腦汁對抗三體、對抗黑森襲擊的經過可謂可歌可泣，但人性也有盲目自大、無知健忘的一面，所以最後失敗的原因總是跟人類本身的自以為是分不開。《三體》的思考，更深刻一些，帶有哲學意味。

3.燒腦性質不同

終於可以說到題目中提到的“燒腦”了。作為出色的科幻作品，我想燒腦那是一定的。但是因為前面提到的原因，我認為兩部作品“燒腦”的方向或者說性質有所不同。

先說我比較熟悉的《三體》。說實在的，要讀懂這部書，需要有一定的物理學基礎。在這個基礎上，跟著書裡抽絲剝繭的層層推理，新奇瑰麗的物理學圖景堆在眼前，閱讀感受是很愉悅的。但是，如果物理學基礎比較差，看不懂書中的邏輯推理，只看結論就容易覺得莫名其妙、看不懂、想不通、不理解，所謂燒腦，大概就是這種“難以理解”。

而《湮滅》，我沒有看過原著，不知道小說裡有沒有詳盡的關於生物基因“折射”的原理介紹和推理，單看電影是沒有的。所以對我來說，這部電影“燒腦”的地方就在於想不通這種“折射”如何發生和作用——似乎事實上也是毫無規律，影片中“折射”變化的方向各種各樣，無法預期。不過如果不去追究當中的原理，只是單純作為一個既定的結論來接受，倒是比《三體》的設定更容易為人理解。畢竟，大家對於癌細胞擴散、基因變異、克隆這樣的生物學概念，比三體問題、黑洞、奇點、維度、曲率空間這樣的數學物理概念還是熟悉一些的。