第一，戊戌政變之後，慈禧確實有廢掉光緒乃至於殺掉光緒的想法。但權衡當時的整個政治環境之後，慈禧最後決定圈禁光緒。因此不是慈禧沒有這種想法，而是現實環境不允許。

第二，慈禧之所以放棄這種想法，原因主要有以下四點。一是有很多大臣認為不能廢掉光緒。以李鴻章為首的一批實權派，明確反對慈禧廢除光緒。慈禧不得不有所顧慮。二是外國勢力反對慈禧廢除光緒。大部分外國使節認為，光緒相對開明樂於推行改革，對他較為同情。所以他們也反對慈禧廢除光緒。外部勢力對清政府有很強的影響，慈禧忌憚外華人的勢力，所以沒有付諸實施。三是清政府當時已經處於風雨飄搖當中。一旦廢除光緒，勢必引發巨大的政治動盪，清政府能不能夠挺過去，都是一個很大的問題。這迫使慈禧必須慎重。四是如果選擇新的繼任者，慈禧的身份問題。此時與同治和光緒同輩的皇室宗親，大部分已經成年。如果選擇他們，慈禧就沒有了攝政的名義。如果選擇下一輩，慈禧很難以太皇太后的身份攝政。這就意味著慈禧很有可能會失去權力。出於自身利益考慮，慈禧在這個時候也不會選擇新的繼任者。

第三，慈禧後來確實冊立了一個大阿哥，有廢除光緒取而代之的心思。但問題在於，他表現不佳，最後慈禧也不得不將他驅逐出宮。

第四，光緒之死現在已經有了定論。被毒殺已經被考古證實。雖然目前沒有確切證據證明是慈禧毒殺，但根據野史記載以及常理推斷，光緒是被慈禧毒死的。也就是說，慈禧並沒有放下仇恨，只是迫於形勢沒有立即對光緒下手。但在慈禧臨死之時，為了防止光緒報復，她還是將光緒毒殺了。

在光緒皇帝的支援下，以康有為為代表的維新派進行了戊戌變法，可在以慈禧為首的頑固派的干預下，戊戌變法宣告破產，慈禧處死了戊戌六君子，並把光緒帝囚禁在了瀛臺。那為什麼慈禧不殺掉或廢掉光緒呢？

時局不允許慈禧這樣做，當時，清王朝是內憂外患，慈禧公開廢帝或殺死光緒，必定會引起國內外的爭議，而當時國內外對此確實有很大的反應，像榮祿與兩江總督劉坤一就不贊同慈禧廢了光緒，甚至章太炎、蔡元培、唐才常等1200多人聯合簽名，發電報給總理衙門，說社會各界迫切希望由光緒“力疾臨御”，否則，“探聞各國有調兵干預之說”，的確國外不少國家的公使都在不同程度上向慈禧施加壓力，以保全光緒帝。在國內外的壓力之下，慈禧為了掌握局勢，只能妥協。再者光緒好歹是個皇帝，慈禧把光緒處死會被人扣上弒君的帽子，尤其是維新派，肯定會大加遊說慈禧的罪行。況且慈禧已經把光緒的政治基礎給拔掉了，光緒只是一個光頭司令，對慈禧沒有任何威脅，慈禧留著光緒還能有點用，能夠挾天子以令諸侯，慈禧掌握一個傀儡皇帝總比另立一個新皇帝好。

雖說慈禧沒有在戊戌變法的時候除掉光緒皇帝，但她在自己即將死之前，還是對光緒帝下了毒手，光緒帝早已他幾日先死。儘管這個說法還不確定，但估計是八九不離十。

戊戌變法後，慈禧對以兒子光緒帝為首的維新派極為震怒，殺了譚嗣同、康廣仁、林旭、楊深秀、楊銳、劉光第等“六君子”，驚走了康有為、梁啟超等維新派領袖，囚禁了光緒帝。表面上看，慈禧為首的守舊派取得完全勝利。但是，慈禧的倒行逆施，引起了全華人民乃至外國列強的強烈反對。因為慈禧的行為，不符合華人民的民意，亦不符合外國列強的利益。慈禧是想廢黜甚至殺死兒子光緒帝的，也採取了一些措施，但最後她的想法失敗了。不是沒做，而是出於膽怯不敢，最後慈禧太后與光緒帝僅差一天，先後去世。

慈禧為廢黜乃至殺掉光緒，組織大臣們圍攻、訓斥皇帝，宣告光緒帝病重，立端郡王之子為大阿哥，從而使光緒帝不管在權力上還是在做皇帝的尊嚴上，名存實亡。但慈禧鞏固在朝廷中權力的同時，也喪失了民心與列強的支援。在國內，大規模的抗議活動不斷，其中上海電報總辦經元善聯合上海紳商市民1200多人，諫阻慈禧廢黜光緒，受到全國各界開明人士的支援；而在國外，列強迫切需要一個開明的皇帝，而光緒帝符合他們的需要，因此慈禧試圖廢黜光緒的想法，也遭到列強的反對。國外國內都反對慈禧，使慈禧也不得不對廢黜光緒的行為有所顧忌。因此最後沒有敢採取進一步的行動。只得對光緒帝採取軟禁的措施，使他實際上喪失了權力。