1878年，蘇祿蘇丹王國與英屬北婆羅洲有限公司（British North Borneo Co.）簽署了協議，該公司以每年付費使用沙巴。然而，根據簽署方的語言，合同有許多版本。由於協議的英文原件已丟失，這片土地到底是“割讓” 還是“租借”就成了一個迷。19世紀末，蘇祿國併入菲律賓版圖。菲律賓堅持說，蘇祿蘇丹與英國北婆羅洲公司的協定是“租借”協定，不是“割讓”協定，沙巴主權應歸菲律賓所有。英國則根據協定的馬來語文字斷定沙巴是“割讓”，不是“租借”。
英屬北婆羅洲期間的郵票，面值有中文標註
1962年，時任的菲律賓總統迪奧斯達多·馬卡帕加爾（Diosdado Macapagal）根據蘇祿蘇丹王國繼承人對領地的主張，正式提出對沙巴的主權要求。
但馬來西亞自然承襲英國的觀點，認為沙巴是“割讓”過來的。1963年8月，在馬來亞改國名為馬來西亞前，聯合國秘書長吳丹曾派出8人小組赴沙巴和沙撈越調查，結論是沙巴和沙撈越加入馬來西亞符合聯合國的原則，符合上述兩地人民的意願。9月16日，馬來西亞宣告成立，沙巴正式成為馬來西業的一個州。
菲律賓政府對馬來西亞的舉動十分氣惱， 拒不承認馬來西亞，並召回駐馬來亞聯合邦的大使。
馬來西亞政府成立後，每年仍然向蘇祿蘇丹繼承人繼續支付“轉讓費”。蘇祿蘇丹王國以此為據，聲稱仍然擁有沙巴主權。但馬來西亞認為此款項為轉讓金，而蘇祿認為這筆款項為租金。
1965年，菲律賓承認了馬來西亞，但“保留將來對沙巴提出要求的權利”。菲律賓要求將沙巴問題提交國際法庭裁決，但被馬來西亞一口回絕。
1968年9月，菲國會透過議案，宣佈沙巴為菲律賓領土，兩國因此斷絕外交關係。翌年12月，菲馬兩國宣佈復交，但沙巴問題的陰影仍籠罩著兩國關係。自此菲拒不放棄對沙巴的領土要求，馬歷屆總理也從未登門訪問過菲律賓。
據透露，馬卡帕加爾的繼任者、費迪南·馬科斯（Ferdinand Marcos）繼續堅持菲律賓對沙巴的主權要求。1968年，他甚至在科雷希多島（Corregidor）訓練了一個團隊，準備滲透進入沙巴從事破壞活動。儘管後來馬科斯放棄了這一要求，但馬來西亞人則想得到一個更明確的菲律賓公開放棄對沙巴領土主權索求的說法。
1986年1月19日，菲律賓參議院提出確定非律賓群島基線議案，其主要內容是”菲律賓可有條件地放棄對沙巴的主權要求， 這樣長期形響菲馬關係的沙巴領土爭端出現了“柳暗花明又一村”。1986年科拉松·阿基諾執政以來，菲律賓主動表示願意與馬來西亞友好協商解決沙巴問題。1987年2月， 菲透過新憲法，刪去了舊憲法中有關沙巴“在歷史上或法律上屬於菲律賓” 的辭句。同年8月，菲副總統勞雷爾應邀訪馬，表示菲將採取具休措施放棄對沙巴的領土要求。將在菲律賓召開的第三屆東盟首腦會議使菲政府加快了解決沙巴問題的步驟，菲議會迅速通過了關於放棄沙巴主權的議案。
但是，菲並不是無條件放棄對沙巴的領土要求。據報道，菲提出的交換條件包括：菲馬簽訂睦鄰友好條約和邊界巡邏協定；馬不再將沙巴作為支援菲南部穆斯林組織摩洛民族解放陣線的叢地；馬應妥善處理湧入沙巴的數十萬菲“非法移民”；對蘇祿蘇丹的後裔繼續給予補償；對菲在沙巴的投資給予優先權等。
1988年菲律賓宣佈放棄對沙巴的主權，雙方的爭議才告平息，不過蘇祿蘇丹後裔則堅持其擁有沙巴的主權。而且直至今日，馬來西亞政府每年仍繳納5000令吉（約1600美元）給蘇祿蘇丹。隨後的很多年裡，菲律賓從未正式提出對沙巴的主權要求。馬尼拉也沒有發表過任何撤回其對沙巴主權要求的宣告。
2000年的時候，菲律賓總統阿羅約和馬國首相馬哈迪原則上同意設立專案小組，處理菲律賓索取沙巴領土主權的問題。阿羅約說，她和馬哈迪進行會談時，討論了沙巴領土主權的問題。”對於主權的爭議，我們同意找出解決方案。”她引述馬哈迪的話說，解決這個問題不必操之過急，而且應該經過深思熟慮。詢及馬菲兩國何時進行談判，以解決沙巴主權的問題時，阿羅約說，談判是雙方期待的一件事，不過還需確定談判的日期。
1878年，蘇祿蘇丹王國與英屬北婆羅洲有限公司（British North Borneo Co.）簽署了協議，該公司以每年付費使用沙巴。然而，根據簽署方的語言，合同有許多版本。由於協議的英文原件已丟失，這片土地到底是“割讓” 還是“租借”就成了一個迷。19世紀末，蘇祿國併入菲律賓版圖。菲律賓堅持說，蘇祿蘇丹與英國北婆羅洲公司的協定是“租借”協定，不是“割讓”協定，沙巴主權應歸菲律賓所有。英國則根據協定的馬來語文字斷定沙巴是“割讓”，不是“租借”。
英屬北婆羅洲期間的郵票，面值有中文標註
1962年，時任的菲律賓總統迪奧斯達多·馬卡帕加爾（Diosdado Macapagal）根據蘇祿蘇丹王國繼承人對領地的主張，正式提出對沙巴的主權要求。
但馬來西亞自然承襲英國的觀點，認為沙巴是“割讓”過來的。1963年8月，在馬來亞改國名為馬來西亞前，聯合國秘書長吳丹曾派出8人小組赴沙巴和沙撈越調查，結論是沙巴和沙撈越加入馬來西亞符合聯合國的原則，符合上述兩地人民的意願。9月16日，馬來西亞宣告成立，沙巴正式成為馬來西業的一個州。
菲律賓政府對馬來西亞的舉動十分氣惱， 拒不承認馬來西亞，並召回駐馬來亞聯合邦的大使。
馬來西亞政府成立後，每年仍然向蘇祿蘇丹繼承人繼續支付“轉讓費”。蘇祿蘇丹王國以此為據，聲稱仍然擁有沙巴主權。但馬來西亞認為此款項為轉讓金，而蘇祿認為這筆款項為租金。
1965年，菲律賓承認了馬來西亞，但“保留將來對沙巴提出要求的權利”。菲律賓要求將沙巴問題提交國際法庭裁決，但被馬來西亞一口回絕。
1968年9月，菲國會透過議案，宣佈沙巴為菲律賓領土，兩國因此斷絕外交關係。翌年12月，菲馬兩國宣佈復交，但沙巴問題的陰影仍籠罩著兩國關係。自此菲拒不放棄對沙巴的領土要求，馬歷屆總理也從未登門訪問過菲律賓。
據透露，馬卡帕加爾的繼任者、費迪南·馬科斯（Ferdinand Marcos）繼續堅持菲律賓對沙巴的主權要求。1968年，他甚至在科雷希多島（Corregidor）訓練了一個團隊，準備滲透進入沙巴從事破壞活動。儘管後來馬科斯放棄了這一要求，但馬來西亞人則想得到一個更明確的菲律賓公開放棄對沙巴領土主權索求的說法。
1986年1月19日，菲律賓參議院提出確定非律賓群島基線議案，其主要內容是”菲律賓可有條件地放棄對沙巴的主權要求， 這樣長期形響菲馬關係的沙巴領土爭端出現了“柳暗花明又一村”。1986年科拉松·阿基諾執政以來，菲律賓主動表示願意與馬來西亞友好協商解決沙巴問題。1987年2月， 菲透過新憲法，刪去了舊憲法中有關沙巴“在歷史上或法律上屬於菲律賓” 的辭句。同年8月，菲副總統勞雷爾應邀訪馬，表示菲將採取具休措施放棄對沙巴的領土要求。將在菲律賓召開的第三屆東盟首腦會議使菲政府加快了解決沙巴問題的步驟，菲議會迅速通過了關於放棄沙巴主權的議案。
但是，菲並不是無條件放棄對沙巴的領土要求。據報道，菲提出的交換條件包括：菲馬簽訂睦鄰友好條約和邊界巡邏協定；馬不再將沙巴作為支援菲南部穆斯林組織摩洛民族解放陣線的叢地；馬應妥善處理湧入沙巴的數十萬菲“非法移民”；對蘇祿蘇丹的後裔繼續給予補償；對菲在沙巴的投資給予優先權等。
1988年菲律賓宣佈放棄對沙巴的主權，雙方的爭議才告平息，不過蘇祿蘇丹後裔則堅持其擁有沙巴的主權。而且直至今日，馬來西亞政府每年仍繳納5000令吉（約1600美元）給蘇祿蘇丹。隨後的很多年裡，菲律賓從未正式提出對沙巴的主權要求。馬尼拉也沒有發表過任何撤回其對沙巴主權要求的宣告。
2000年的時候，菲律賓總統阿羅約和馬國首相馬哈迪原則上同意設立專案小組，處理菲律賓索取沙巴領土主權的問題。阿羅約說，她和馬哈迪進行會談時，討論了沙巴領土主權的問題。”對於主權的爭議，我們同意找出解決方案。”她引述馬哈迪的話說，解決這個問題不必操之過急，而且應該經過深思熟慮。詢及馬菲兩國何時進行談判，以解決沙巴主權的問題時，阿羅約說，談判是雙方期待的一件事，不過還需確定談判的日期。